Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
70486	Cc1ccc(O)c(C2N=C(N([O])[O])C3=C2C=CC(CN)C=C3)c1	TargetDiff	5V82	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70487	CC1=C(Cl)C(O)=CC2C=C(C(=O)O)CC=C12.CCCC	TargetDiff	5V82	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70488	Oc1cc2c(c3c1CC1C3CCC(O)C1O)CCCCC2	TargetDiff	5V82	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70489	CC1(C)CN2C(C3=C1CNC3)C(O)C1(O)CN(C3CN4CC(F)NC4=C4C=CCC=C43)NC21O	TargetDiff	4CG9	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70490	CC1CC(O)=C(O)C1OC(=O)C(O)C(CO)C(O)OC1C=CC2OC(=O)CC3CC(=O)N(C(N)=O)CC3C2=C1	TargetDiff	4CG9	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70491	[O]N([O])CC1OC2CC3C4CCC2OCC1(O)CC(O)(CO)C(O)CCCC(O)C1CC3C(CC1O)C4CO	TargetDiff	4CG9	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70492	C[C@H]1CC[C@@H]2CCC(=CN[C@@H]3[C@@H](OC4=CCC(=C(F)F)C=C4)C[C@@H](O)[C@@H]3C)[C@H]2[C@@H]1C	TargetDiff	4CG9	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70493	COC(=O)C(C1C=C(CO)CC(OC)=C1)N(CO)C1=CC2C(=N)C=C(C)C(C)C2=C(F)C1	TargetDiff	4CG9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70494	CC(O)C(C)C1C(O)C(C(=O)N2CCC(C(O)C3(C)CCCO3)C2)C(O)C1CC1CCNC1	TargetDiff	4CG9	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70495	CC1C2CN(C(=O)C3C=CC4=CC(F)(F)C=C5C(C(=O)O)C(=O)NC6CCC7=C6C(C45)C73)CC2CCC1(C)C	TargetDiff	4CG9	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70496	CC1=C2NN(C1)CC(C(O)C(C)O)C(=O)OC1Oc3ccncc3CC1C(O)(c1ccccc1)O2	TargetDiff	4CG9	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70497	CCC(CC(C)(O)O)OC1C(O)=CCC2=C1OC1OC(C)(C3=CCC(O)=CC3)C(=O)NC21	TargetDiff	4CG9	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70498	CCC(=O)NC(O)C1OC(NCC2=CCC(OC)=CC=C2)C(O)C(O)C1O	TargetDiff	4CG9	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70499	CCC1=C2C(=O)C(C)OC2C(C)C=N1	TargetDiff	5IH9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70500	[S]C1=C=c2ncnc3c2=C(NC3)NN1	TargetDiff	5IH9	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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