DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
70471 CCC1CC(OC(=O)C(O)C(O)C2=CCC(=O)N=C2)C(O)C(O)O1 TargetDiff 5GJ9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70472 CC(=O)CCOP(=O)(O)OC(=O)C1(O)C(O)C(CO)CC(O)C1C(=O)O TargetDiff 5GJ9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70473 O=C(O)c1cnc(C(CO)(C(O)CO)C(O)C(O)F)nn1 TargetDiff 5GJ9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70474 O=C(O)CC1C2C3CCC4CC(O)C(C(O)C3)(C1O)C42 TargetDiff 5GJ9 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
70475 O=C(OC1CC2(O)C(O)C(O)C(O)C(O1)C2O)C(O)OCCO TargetDiff 5GJ9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70476 CC1(C(O)C(O)CC(=O)O)C(CO)CCC1C(=O)O TargetDiff 5GJ9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70477 O=C(O)C1CC2C(O)C(=O)C3CCNC(N1)C32 TargetDiff 5GJ9 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70478 CC(OC(=O)SC1(C)C(O)C(O)C(C(=O)O)C1O)C(=O)O TargetDiff 5GJ9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70479 CN1C(=O)CCN2C1CN1C(N3CCCC3)CC=CC12 TargetDiff 5V82 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70480 CC1C2N=C3CC=CC=C3C(O)=C2CC2SCN21 TargetDiff 5V82 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70481 CC1=C2C=CCC=C2N(N2CC(O)C2C)C1C(=O)N1CCC1 TargetDiff 5V82 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70482 CC1CC2CC(C=NN2)C2C=NC=CC(=N2)C2=C=C3C(C(=O)CC31)C(=O)NC2 TargetDiff 5V82 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70483 CC1=CC=C/C2=c3\cccc4c3=C(C(=O)N4)C3CCc4cc(F)cc(c43)OC2=C1 TargetDiff 5V82 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70484 CC(C)=NC=c1c(O)c(O)ccc1=CNCCO TargetDiff 5V82 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70485 CCNC.O=C1C2=C3CCC4=C=CC/N=C5/C=CC(OC2CN1F)C(=C5)N43 TargetDiff 5V82 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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