DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
70591 Cc1ccc2c(c1O)/C1=N/C(=O)CCCN(C1)N=C2 TargetDiff 4LM4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70592 O=C1NCc2cncc(O)c21 TargetDiff 4LM4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70593 N=C1NC2CCC3CCC(=C32)C2CCC3C(=O)C4=C(N1C=C(N)C4)N32 TargetDiff 4LM4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70594 CC(O)CNc1cccc2c1C(=O)Nc1cc(F)ccc1CC2 TargetDiff 4LM4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70595 CC1=Nc2cc(C)c3c(c2N=CN1)NCC3 TargetDiff 4LM4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70596 CC1=C(O)C2C3=C(NN2C(CC(N)=O)=N1)C(F)C(F)C(F)C3 TargetDiff 4LM4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70597 Cc1nc2cc3c1CC=CN3CN/N=N\C1=C3C(=CCC4=C3C=C(CN4C)O2)C1 TargetDiff 4LM4 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70598 NC1=CCCC=c2c1nnc1c2=CC=CN1 TargetDiff 4LM4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70599 CC(C)(F)CSC1N=C2NN=C(C3=CC4=C(CC=C3)NNN4)SC2C2=C1CCC2 TargetDiff 4LM4 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70600 CC1=C2C=NC=C(C(=O)O)C2C=CC=C1 TargetDiff 4LM4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70601 CC1CC(O)C(CO)C(O)CC(O)CC(=O)/N=C2\C=C(C=CC2)C(CO)C(CO)C1 TargetDiff 4S1G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70602 CC1CCC2=C(F)C/C(=C/C(NC(=O)C(C)C)CC(N)Cc3cccc(c3)CC(=N)N1)C2 TargetDiff 4S1G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70603 CCC=CC=CC(O)[C@@H]1CCCN[C@@H]2CC[C@@H](C)[C@H](CC[C@H]3[C@H](O)[C@@](O)(C[C@H]3[C@@H](C)O)/N=C/C(=O)[C@H]3CCN1C3=O)[C@H]2CO TargetDiff 4S1G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70604 CCC(C)(O)C(C)C(=O)Nc1cc(N2C(=O)C(O)Cc3ccccc32)c(F)cc1C TargetDiff 4S1G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70605 CC1CC2CC(O)C3CC(F)(C/C(O)=C4\C=C(C=CC4)C(CO)C(O)C12)CC3O TargetDiff 4S1G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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