Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
71761	NC1(O)C(C2C3CCC3C3CC(O)C(O)C32)CCC(O)(NC2=CC(CNC(=O)CO)=CC(O)C2F)C1NCC1CCCNC1	TargetDiff	6NV9	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71762	COC1=CC(=C(N)CC[C@@H]2CCCCN2)CC=C1NC(N)=O	TargetDiff	6NV9	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71763	CC(=O)N(c1cccc(F)c1)C1CN=CC(OC(NC(=O)O)C2CC(C)CCC2C(CN)c2ccccn2)C1	TargetDiff	6NV9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71764	CO/C1=C(\NC=O)CNC(C)C2CCCC2C(C(N)CCNC(=O)CC(C)CO)=C=C1	TargetDiff	6NV9	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71765	C[C@@H](O)[C@@H](CO)CNC(=O)CNC(=CC1C=CC=CC=C1)C(=O)Nc1ccc2c(n1)C[C@@H]1[C@H](O)C[C@H]3OC[C@@H]3C[C@]1(C)[C@@H]2C(=O)O	TargetDiff	6NV9	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71766	CCCOC1(O)CC(O)C(=O)OS1(O)CC1CC(COC2=C(O)C=C(O)C(O)C=C2)C2C=C(O)C(Cl)C(F)=C2C=N1	TargetDiff	6NV9	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71767	CC1CCC(NC(=O)C(=O)NC(O)C(NCC2CC3CCC(=O)OC3C2)C2=CCC=CC2)C1	TargetDiff	6NV9	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71768	CC(C)OCCC(N)(O)N/C1=C\N(C(=O)O)CCC(=N)/C=C/C2N=CCC=C2C2CC1CN2	TargetDiff	6NV9	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71769	OCCCNC1C=CCC=C1Oc1cc(-c2ccc(F)cc2)c(F)cn1	TargetDiff	5EU1	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71770	CC(=O)C1=C(C2CN(C)COC2=O)C(=O)C(=O)N1C(O)c1ccccc1F	TargetDiff	5EU1	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71771	CCNCC[C@@H]1CC2=C1C(=O)NC2=NC1CC=C(OC)C=N1.NC(F)F	TargetDiff	5EU1	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71772	OC1=C2C=Cc3c(O)ccc4c3C2C(C4)c2ccccc21	TargetDiff	5EU1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71773	COC(=O)CC1=CN[C@@]23C(=O)[C@H]([C@@H]4CCN(C)C4)C[C@@H]2C(=Nc2ccc(F)cc2O)C3=N1	TargetDiff	5EU1	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71774	OC1=CC=NC(C2Cc3ccccc3O2)C1C(F)NF	TargetDiff	5EU1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71775	N=c1nc2nc3c(c(-c4ccc(O)cc4)c2cn1C(F)(F)F)CNCC3	TargetDiff	5EU1	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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