DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
71791 COC1CCC(c2cnc3c(c2)CCC2(F)C4NC(=O)CC4CC4C2C3N4C(=O)OCCCO)O1 TargetDiff 4KEU ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71792 CC1CC(C)C2C3C1C(O)C(O)C(O)C3C(O)CC2C1(C)CCC(C)(C)C2=COC(=O)CC2C1C TargetDiff 4KEU ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71793 CCC(S)C1=C2C(=O)C(C(C)CC3CC(O)O3)CC2NN1 TargetDiff 4KEU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71794 CC(=O)CC1CCC(C2COC(C3CCOC3)CC(C)=C2C)CO1 TargetDiff 4KEU ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71795 CC1CC(CO)CCC2CCC3(C)C(c4ccccc4)CCC3C12 TargetDiff 4KEU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71796 CN1C(=O)C2N=C3CC=CCC3=NC2CCC1C(=O)NCCCO TargetDiff 4KEU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71797 CC(CC(O)CC1=CCc2nc3n(c2C1)CCCOC3)CC1CCOC1C TargetDiff 4KEU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71798 O=C(O)CN1CCCC(C2C=C(C3=CCN=CC3)NCCC2)CC1 TargetDiff 4KEU ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71799 C=C(NCC1CCC(C)C(O)C1)c1cc(-c2ccccc2)c2c(n1)NC(C)O2 TargetDiff 4KEU ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71800 COC1CCC(c2cc(C3CC(C(=O)O)OC3=O)c3cc(CO)cnc3n2)C1 TargetDiff 4KEU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71801 CC(C(=O)O)c1nc(F)cc(C(CO)C2CN(CC3C=CCC=C3)CC2C(=O)O)n1 TargetDiff 4KEU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71802 Cc1ccc(F)c2c1C1OC3=CC(Cl)C=CC3C(C3(O)C=CC(=O)N=C3)CC1N2 TargetDiff 4KEU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71803 CC(CC1CCC2C(C)C(CO)OCC(C)C2C1)C1CCC=C(O)C1 TargetDiff 4KEU ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71804 CC(C)C1=CNN(c2ccc3cc2CC(O)CCCC(=O)N3)C=N1 TargetDiff 4KEU ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71805 CC12NCC3(CC4(O)C(CCC4C(C)(O)N4CCC(O)C4)C3O)C1CCCC2O TargetDiff 4KEU ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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