DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
71851 CC1CCC2CCCC(C(C)C3C=CCC(F)=C3)CC2NC1C TargetDiff 5L4J ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71852 O=C1CCC(CC2C=CC=CC=C2)N1 TargetDiff 5L4J ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71853 COC1=CC(OC)=CC2Oc3ccccc3[C@@H](N=C3CCN=C(C)C3=C=O)C2=C1 TargetDiff 5L4J ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71854 C=C(O)C1CC=CC(C(C)c2ccc(OC)c(O)c2)C1C1=CC2CCC1CC2 TargetDiff 5L4J ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71855 C=C(F)C1NC(c2cc(O)cc(COC)c2)C(C)CC1C1C=CCC=C1 TargetDiff 5L4J ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71856 CC12CCC3(Cc4nc5ccccc5nc4C3(CO)C1)C2 TargetDiff 5L4J ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71857 CC1(C)CCCN(C(=O)c2ccccc2C(=O)c2ccc(F)cc2)C1 TargetDiff 5L4J ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71858 COC1/C=C(c2cccc(O)c2Cl)\C=C/C(C(C)C)=C\C1 TargetDiff 5L4J ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71859 COC1CC(O)=C(N2CC3=C(N2)C(CO)C=C=CC2C(C)C=CCC2O3)N1 TargetDiff 5L4J ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71860 C1=CC2OCCC(c3ccncc3)C2C=C1.Oc1ccccc1Cl TargetDiff 5L4J ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71861 CC1c2ccccc2NC12CC(O)(C1C=CC=C(Cl)C(F)=C1)c1cccc(O)c12 TargetDiff 4CWP ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71862 CC1C=CCC=C1N1CC=CC(C2C(=N)NC3C=C(O)CC=C32)C(CO)C1 TargetDiff 4CWP ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71863 CO[C@H](c1ccc(O)cc1)n1c(=O)n(C=CO)c2c(O)cc(C)cc21 TargetDiff 4CWP ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71864 Nc1ccc(Oc2c(O)cccc2C2OC3=CC=CCC3=C3NCC(CO)C32)c(O)c1 TargetDiff 4CWP ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71865 CC(=O)C1=NNC=C(C2=NCC3=Nc4ccnnc4NC3=N2)C1 TargetDiff 4CWP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

71851 to 71865 of 73725 items. Total 4915 pages.