DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
71836 CC1C2NC(=O)CCC3CCCC45OCC67CC8C=C(F)C=CC8=CC6CC4C7C1(O)C5C2C3 TargetDiff 4KEU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71837 CC1CC(C2CC3C(CC=CC3C(C)(C)CCCCCC(=O)O)O2)N(C)C1 TargetDiff 4KEU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71838 CC1C2=C(C=C3c4ccccc4CC31)C(F)C(CCC(=O)O)=CC=C2 TargetDiff 4KEU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71839 O=C(O)NCCCCC1N=CC(C(=O)NN2CCCC2)c2ncc3ccc(F)cc3c21 TargetDiff 4KEU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71840 CCC1CCC(C2(C)CCCCC3C(O)C(O)CC3(O)C2)CC1 TargetDiff 4KEU ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71841 O=C(O)N1CCN2C(=C3C=CCC=C3OC3C4=C(C=CC32)C2CCCC2=CC4)C1=O TargetDiff 4KEU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71842 CCCCCCCC1CC2CSCC3C(O)C(O)CC1C23 TargetDiff 4KEU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71843 N=CC1CC2=C(C3CN4C(=N3)CC3CC(O)C(O)C(CO)C4O3)CCC2C1 TargetDiff 4KEU ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71844 CCC12CCC(O)CC1CCC(C1=C(C)C3=C(C1)CC(C)NCC3)C2C TargetDiff 4KEU ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71845 CC(O)C1=CC(C2C(=O)C3c4ccccc4C(=O)C3C(N)C3C2CC2(O)C3CCC3CNC(=O)C32)C=CC1 TargetDiff 4KEU ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71846 CC(O)C(O)C1CCC(C(C)(O)C2CCCC(CC(=O)O)CC(=O)C2)O1 TargetDiff 4KEU ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71847 CCCNC(=O)c1cccc(C2=CC(C)C(C(=O)CC3CC(CO)C(CO)C3)C=N2)c1 TargetDiff 4KEU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71848 COC1=C(OC2(O)NCCC3C4CCC(OCC32)C(O)(O)c2ccccc24)CCC1 TargetDiff 4KEU ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71849 O=C1CNOc2cc3c(cn2)CC(C2CCC(C(=O)O)C2)NC(C3)Oc2cccc(c2)N2CCC(C1)N2 TargetDiff 4KEU ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71850 CC(=O)NC(=O)N1CCC2C(C=NC3C=CC(O)C(O)=CC32)CC(O)(O)C1 TargetDiff 4KEU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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