Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
71821	CN(C(=O)C1CC2C(CCO)C=NC3=CCC=C(O1)C32)c1cccc(C(O)C2C=CCC=C2)c1	TargetDiff	4KEU	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71822	COC(CC(F)(F)F)C1CC2=C(S1)C1=C3CNC(P(=O)(O)O)=C3CC1C2	TargetDiff	4KEU	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71823	CC1CN=C(c2ccc3c(c2)C=CC=CC3CNC(=O)O)N1C(=O)C1=CC=CC2CC(CS)NN12	TargetDiff	4KEU	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71824	CC12CC(CO)OCC1CNc1nc(Cc3cccc(F)c3)ccc12	TargetDiff	4KEU	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71825	CC(Cc1ccccc1)C1CC(O)CC(O)C(CC(=O)O)C1	TargetDiff	4KEU	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71826	CC(C(O)C1=CCCCC1)C1(C)CCC=C(CCN)C(=O)C1	TargetDiff	4KEU	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71827	CC1(C(O)(O)CC2N=CC3C=CCC=CC3=CC2c2cccc(C(O)CO)c2)CC2CCC(O)(C2)C1	TargetDiff	4KEU	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71828	CC1OC2=C(CC3=C(C=C2)CC2CCCN32)CC2CNC3C(C(=O)O)NC(O)(O1)C23	TargetDiff	4KEU	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71829	CC1CCC(C(=O)NC(C)C2CC3CC(O)NC3C2C)C1	TargetDiff	4KEU	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71830	CC1CNCCOC2C=CC(Oc3ccccc3)c3cnc(nc32)COCC1C(=O)O	TargetDiff	4KEU	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71831	CCCC1OC(C2=C(O)CC=CC2)CCC1(O)c1cccc(CC(=O)O)n1	TargetDiff	4KEU	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71832	COC1=CC(CC2CCN(C(=O)CC3C(C)C(C)C(O)(O)C3C)CN2)C=CC1	TargetDiff	4KEU	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71833	O=C(O)C1C=CC=C2C[PH](=O)C(C3=C=CCCC=C=C4C3C=CC3=CC=CC=CC43)CCNC21	TargetDiff	4KEU	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71834	CC12CC3CCC(N4CCCC4)CCC3CC1C(CO)C(O)CC(OO)C2CO	TargetDiff	4KEU	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71835	CN1CC2CC(CC3CC(O)C(O)C3)CC3=C4CCCC=C4CC(C1=O)C32	TargetDiff	4KEU	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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