DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
71866 CC1=CC(C(=O)O)CC(C(CCC(=O)O)C2CCC3N=CCC=C32)C=C1 TargetDiff 4CWP ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71867 COCc1ccc2c(c1N)C(O)CC(O)C(O)C2O TargetDiff 4CWP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71868 CC(C)C1=C2N=C(CCC(=N)OC3=C=C(CC4CCNC4)C=C4C(=N3)N=C4N(C)O)NN2C(C#N)C=N1 TargetDiff 4CWP ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71869 CC1CC(=N)N(C(=O)N(C)CCCO)C2C=CC(c3ccccc3)C=C12 TargetDiff 4CWP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71870 CCc1cc(C2CC3NC(CN)C(=O)C3C(O)C2C(=O)O)cn(C)c1=O TargetDiff 4CWP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71871 CC(=O)O[C@@H](C)C=C1N[C@@H](C[C@H](F)C(N)=O)C=C[C@H]1O.F TargetDiff 6HRQ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71872 CC(=O)OCCCC(=S)NC(O)CO TargetDiff 6HRQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71873 O=C(O)C(CCF)NC(=O)C1CC2=CC(C(=O)S(=O)O)C=CC=C2N1 TargetDiff 6HRQ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71874 O=C1NCCCC1CC1=NCC2=NC(Cc3ccncc3)C(NOC3CCC3)=CN12 TargetDiff 6HRQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71875 O=C(NC1=CC=CC2=NC3=C(CC(O)C3)OC12)C(O)(O)O TargetDiff 6HRQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71876 CC(O)C(CO)CCCN(C)COCc1cccnc1 TargetDiff 6HRQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71877 CC[C@@H](C)C(=O)N=C[C@@H]1ONC(=O)C=C1C TargetDiff 6HRQ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71878 CNC(CO)CNCCC(C)CCO TargetDiff 6HRQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71879 CNC(=O)CC1C=CCC(C(=O)NC(O)(O)C(O)C(C)CO)=C1 TargetDiff 6HRQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71880 OC1CCC(CC2CCN(CCCN3CCCN3)CC2)N1 TargetDiff 6HRQ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

71866 to 71880 of 73725 items. Total 4915 pages.