Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
72481	O=C(O)CC1C=CC(C2CC(C(=O)NS(O)(O)O)(C(F)(F)F)CCc3ccccc32)C2OC(=O)CC(O)C12	TargetDiff	5J8Z	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72482	CC(N)(O)C1CC2CCC3=C(C(O)C(O)C(O)COC4C5CCCC(=O)C4C(O)(CO)COC5)C(CO)CC1(O)C32	TargetDiff	5J8Z	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72483	COC1OC2=C(CC(C(C)N[SH](N)(O)(O)O)S2)C2C(Oc3ccccc3)C(CCc3ccc(F)cc3)C(=O)C2C1O	TargetDiff	5J8Z	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72484	CCCCC1CCCc2nc(C(N)=O)c(C)cc2CN1CCCC(C)=O	TargetDiff	5J8Z	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72485	CCC1C2CC(=N)N/C=C\C=C=C2CC(C2C=CCC=N2)C1C(O)(O)F.F	TargetDiff	5J8Z	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72486	CC1C2CCC3C(OO)CC4C=CCC=C4C4C3C2C2(CC1S(O)(O)O)C(C)CCC42	TargetDiff	5J8Z	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72487	CC(C)(CCCC(F)(F)F)C(C(O)C(=O)O)C1CCC2=C1C(O)CCCC1C2NC1(O)O	TargetDiff	5J8Z	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72488	CCN=C1CCCCN1C(=O)C1=CCC=C(O)C1=C1C[C@H](C(F)(F)F)NO1	TargetDiff	5J8Z	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72489	CC1=CC2C(C=C1)C(C(=O)O)C(O)C2(NS(O)(O)O)C(C)C1=CC=C(O)C(O)C1O	TargetDiff	5J8Z	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72490	O=CC(CC(OC(F)F)C1=CC=C(C2CN3CC4CCCC4=CC3C2=O)C(F)C1F)c1ccccc1	TargetDiff	5UPF	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72491	CC(=CC[C@H]1CCC(C=C2CCCN2O)=C1O)c1ccc(C(=O)O)cc1	TargetDiff	5UPF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72492	C[C@H]1[C@@H]2[C@H]3CC[C@H]4C(F)=CCC=CC4=C[C@@H]3C[C@H]2[C@@H](C)C2C(=O)C(=CC(N)=O)CN21	TargetDiff	5UPF	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72493	COC1=CC2=C(C)N3NCC4=C3C(C2C=C1)C1C(C=CC2(CC3(O)CCC(Sc5ccc(O)c(N)c5)(C(=O)O)C3C)CCC12C)C4	TargetDiff	5UPF	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72494	CC(C)(C)CC(=O)C1CCC(CCc2cc3c(cc2O)CC=CC3)CC1	TargetDiff	5UPF	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72495	CC(C)Oc1ccc(C2C=NC3COc4ccccc4OC(=O)C3=C2)cc1	TargetDiff	5UPF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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