Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
72541	N=C(N)C=CCC=C=CC[C@@H]1C(=S)C(F)=CC=C1O	TargetDiff	6ELP	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72542	CCO.O=C1CCC(=O)C2N=C3CC=C(O)C=C3C3OCc4cccc1c4C23	TargetDiff	6ELP	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72543	COC1CC/C2=C3/CC4C(=CC(Cl)C(Cl)=C4C=C=CC21)C(C)C(C)O3	TargetDiff	6ELP	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72544	CN(C(=O)C1=NCNN1C(=O)Nc1cccnc1)C1=NCC(C=N)=NC1	TargetDiff	6ELP	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72545	COc1ccc(C(O)C2C(=O)ON(C(=O)C(C)O)C2C(=O)O)cc1	TargetDiff	6ELP	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72546	COCCC(CO)c1cc(OCC2CNC3=C2CC=CC(C)=C3)cc(C(C)C)c1	TargetDiff	6OQB	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72547	COC1=CCC(OC(CC(F)(F)CF)C2C3=C=CCCCC(=[C]3)[C]=CC2C)C=C1	TargetDiff	6OQB	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72548	c1ccc(OCC2=NCCN2)c(Nc2cccc3ccccc23)c1	TargetDiff	6OQB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72549	CC1=CC2=C3C=CC=C4C(c5ccc(O)cc5)COC(C43)C(OCC(=O)O)C2CC1O	TargetDiff	6OQB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72550	CCCC(CCC(C)O)C1C=c2ccccc2=CC1F	TargetDiff	6OQB	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72551	COC(c1ccc(C)cc1)C(Cc1ccccc1)OC1CC(C)CCCN1	TargetDiff	6OQB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72552	CC(CCC(F)F)N1CCC(C2C=CC(C(N)=O)=CC2)OC(=O)C2CC(C=CC2c2ccc(OF)c(F)c2F)C1	TargetDiff	6OQB	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72553	CCCC1C=C2C(C(O)=C3C(S(O)(O)O)=C(CC)NC31)C1CCC(C(C)O)C1C(=O)N2C	TargetDiff	6OQB	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72554	CC12CCC(Cc3cc(O)c(O)cn3)OC1C(C(=O)COCCCO)COC1C(F)=CC(F)=C(C(O)F)C1OCC1CCC2C1O	TargetDiff	6OQB	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72555	Cc1ccc2c(c1)C=NC(O)(C(=O)N1CC3CC=C(F)CC3=C3C=C(F)C=CC31)C2	TargetDiff	6OQB	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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