DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
72511 CC1=CC=C/C2=C/NC(=N)NC3=C(C(=O)N(C)C3)C3=CC(O)(C=CC3)CCC12 TargetDiff 5NKI ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72512 CCN(CCC(C)(C)C)C1CC2=C(C(=O)N=c3c2cc(OC)c2c3=C(CNC)C2)C1=O TargetDiff 5NKI ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72513 CCC(COC)CC1=c2nc3n(c2=NC1)N=CC1CC2SC=NC(Cl)C2CC31 TargetDiff 5NKI ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72514 CC1C(C(=O)C2C=CCC=C2)CCCC2CCC3CCCC3C(O)C3CC(C2)C3C2CC=NC3=N[C](CC=C32)/N=C2/NCCC21 TargetDiff 5NKI ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72515 COC(C)(C)c1ccc2c3c1OC=c1c4c(c5n1C3C(=CO2)C(=O)N=5)CCC4 TargetDiff 5NKI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72516 C/C1=C/OC2C(Cl)CC(C3CCC(C3)OCONC3C(C1)OCC1NNC(=O)C13)C2Cl TargetDiff 5NKI ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72517 CCC.Cc1ccc(C2C3=NC(=O)N4CCC(C)(C)CCCC(C)OC(=O)CC(C(C)C(C)(O)CN)CC5CC2C3C4C5)cc1 TargetDiff 5NKI ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72518 CCCCCC(CCCC1C(CC)CC=C2CCCC2C1C)OC(C)=O TargetDiff 6UDU ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72519 COC1CCC(C(C(C)C(=O)O)C2C=C3C=CC=CC3CNC2=O)C1 TargetDiff 6UDU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72520 CC1=CC2CCOC2=CC1CN(CCCO)CCCO TargetDiff 6UDU ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72521 CCc1ccc2c(c1)C(C(=O)O)CC=C1C3=Nc4ccccc4C(=O)C3C(C)(O)C12 TargetDiff 6UDU ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72522 CC(C)=O.CCCCCCC1CCC1 TargetDiff 6UDU ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72523 O=C(O)C1=CC2=C3CCCN3C3C(C4=C(F)C(F)=CCC4F)C=CC=CC3C2C=C1 TargetDiff 6UDU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72524 Cc1ccc([C@H](O)[C@@H](C2C=CC(CO)=CC2)[C@@H]2C(O)=CC=CC2=C2CCCO2)cc1 TargetDiff 6UDU ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72525 CC1=CCC=CC=C1C(=O)N1CC2CCC3C(=O)N(c4ccccc4)C(C1)C23 TargetDiff 6UDU ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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