DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
7546 OC(c1ccc(F)c(F)c1)C1CCC(c2ccc(Cl)cc2)(C2CCC(F)(F)CC2)CC1 AlphaDrug 1AI4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7547 OC(c1ccc(F)cc1)C1CCC(c2c[nH]c3ccccc23)(N2CCC(F)(F)CC2)CC1 AlphaDrug 1AI4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7548 CCN(Cc1ccc(-c2ccccc2)cc1)C(C)NC(=O)C(O)Cc1cccc(C2CCCCCC2)c1 AlphaDrug 1AI4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7549 COc1cccc(-c2ccc([SH](=O)(CC3CCCCC3)c3cccc(C(=O)O)c3)cc2)c1 AlphaDrug 1AI4 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7550 OC(c1ccc(F)cc1)C1CCC(OCc2cccc(C(F)(F)F)c2)(c2c[nH]c3ccccc23)CC1 AlphaDrug 1AI4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7551 O=C(Nc1cccc(Cl)c1)C1CCCN1C1(c2c[nH]c3ccccc23)CCC(C(O)c2ccc(F)cc2)CC1 AlphaDrug 1AI4 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7552 OC(c1ccc(F)cc1)C1C=CC(OCc2cccc(F)c2)(c2c[nH]c3ccccc23)CC1 AlphaDrug 1AI4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7553 O=C(NC1(c2c[nH]c3ccc(F)cc23)CCC(C(O)c2ccc(F)c(F)c2)CC1)C1CCCC(C(=O)O)(c2ccc(Cl)cc2)CC1 AlphaDrug 1AI4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7554 O=C(NC1(c2c[nH]c3ccc(F)cc23)CCC(C(O)c2ccc(F)c(F)c2)CC1)C1CC=CC(c2ccc(Cl)cc2)CC1 AlphaDrug 1AI4 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7555 O=C(O)CCNC(=O)C1(c2c[nH]c3ccc(F)cc23)CCC(C(O)c2ccc(F)c(F)c2)CC1 AlphaDrug 1AI4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7556 O=C(NC1(c2c[nH]c3ccc(F)cc23)CCC(C(O)c2ccc(F)c(F)c2)CC1)c1ccc2c(c1)OCCO2 AlphaDrug 1AI4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7557 O=C(NC1(c2c[nH]c3ccc(F)cc23)CCC(C(O)c2ccc(F)c(F)c2)CC1)C1CCC(F)(F)CC1 AlphaDrug 1AI4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7558 O=C(NC1(c2c[nH]c3ccc(F)cc23)CCC(C(O)c2ccc(F)c(F)c2)CC1)C1CCC(O)(C(F)(F)F)C1 AlphaDrug 1AI4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7559 O=C(NC1(c2c[nH]c3ccc(F)cc23)CCC(C(O)c2ccc(F)c(F)c2)CC1)C1(c2ccc(Cl)cc2)CCCC1 AlphaDrug 1AI4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7560 OC(c1ccc(F)c(F)c1)C1CCC(c2c[nH]c3ccccc23)(N2CCCCC2)CC1 AlphaDrug 1AI4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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