DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
7606 Cc1noc(Cc2ccc(-c3ccc(N4C=CCCC4NC(=O)c4cccc(O)c4)cc3)cc2)n1 AlphaDrug 5MN1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7607 O=C(NC1CCc2ccccc21)c1ccc(N2CCCCC2NC(=O)c2cccc(O)c2)cc1 AlphaDrug 5MN1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7608 O=C(NC1CCCCN1c1ccc(-c2cccc(COc3ccc4c(c3)OCO4)c2)cc1)c1cccc(O)c1 AlphaDrug 5MN1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7609 O=C(NC1CCCCN1c1ccc(-c2ccc3ccccc3c2)cc1)c1cccc(O)c1 AlphaDrug 5MN1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7610 O=C1NCC(c2cccc(Cl)c2)CCC(NC(=O)c2cccc(O)c2)C(=O)c2cccc3cc1ccc23 AlphaDrug 5MN1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7611 NC1CCC(NC(=O)c2ccc(N3C=CCCC3NC(=O)c3cccc(O)c3)cc2)C1 AlphaDrug 5MN1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7612 O=C(O)c1ccc2c(-c3ccc(N4C=CCCC4NC(=O)c4cccc(O)c4)cc3)cccc2c1 AlphaDrug 5MN1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7613 CC(C)(CNC(=O)c1cc(-c2ccccc2C(F)(F)F)cc(O)c1O)S(=O)(=O)CCC(F)(F)F AlphaDrug 5E2S ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7614 CC(C)(CNC(=O)c1cc(-c2cccc(O)c2)cc(Cl)c1O)S(=O)(=O)c1cc(C(F)(F)F)ccc1Cl AlphaDrug 5E2S ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7615 Cc1ccccc1-n1nncc1C(C)(C)CNC(=O)c1cc(-c2cccc(C(=O)O)c2)cc(Cl)c1O AlphaDrug 5E2S ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7616 CC(C)(CNC(=O)c1cc(N2CCSCC2)cc(Cl)c1O)C(=O)OCc1ccccc1 AlphaDrug 5E2S ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7617 CC1CCC(C(C)(C)CNC(=O)c2cc(-c3cccc(C(=O)O)c3)cc(Cl)c2O)C1C(=O)OC(C)(C)C AlphaDrug 5E2S ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7618 CC(C)(CNC(=O)c1cc(-c2cccc(C(=O)O)c2)cc(Cl)c1O)c1cnnn1-c1cccc(O)c1 AlphaDrug 5E2S ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7619 CC(C)(CNC(=O)c1cc(-c2ccc(Cl)cc2)cc(O)c1O)S(C)(=O)=O AlphaDrug 5E2S ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7620 CC(C)(CNC(=O)c1cc(N2CCC(NC(=O)c3cccc(O)c3)CC2)cc(Cl)c1O)c1cccc(C(=O)O)c1 AlphaDrug 5E2S ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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