Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
7666	Cn1nc(N2CCOCC2)cc1N1CCN(c2ccc(C(=O)N3CCC(N4CCOCC4=O)CC3)cc2)CC1	AlphaDrug	5IHH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7667	CN(C(=O)O)C1CCN(c2cc(N3CCN(c4ccc(C(=O)N5C=CC(c6ccccc6OC(F)(F)F)CC5)cc4)CC3)n(C)n2)CC1	AlphaDrug	5IHH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7668	Cc1ccc(N2CCN(C(=O)c3ccc(C(=O)NCc4cccc5ccccc45)cc3)CC2)cc1	AlphaDrug	5IHH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7669	Cn1nnc(-c2ccncc2)c1N1C=CN(c2ccc(C(=O)N3CCC(N4CCCC4)CC3)cc2)CC1	AlphaDrug	5IHH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7670	Cn1nc(-c2ccncc2)cc1N1C=CN(c2ccc(C(=O)N3CCC(c4ccccc4N)CC3)cc2)CC1	AlphaDrug	5IHH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7671	Cn1nc(N2CCOCC2)cc1N1CCN(c2ccc(C(=O)N3CCC4(CCNC4)CC3)cc2)CC1	AlphaDrug	5IHH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7672	CC1CN(C(=O)c2ccc(-c3c[nH]c4ccccc34)cc2NC(=O)C2CCCC2)CCN1	AlphaDrug	4LM1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7673	CC1(C)CN(c2ccc(-c3c[nH]c4ccc(C(N)=O)cc34)cc2C2CC2)CC(=O)N1	AlphaDrug	4LM1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7674	CC1CN(C(=O)c2ccc(-c3cccc(F)c3)cc2NC(=O)Nc2ncc(N3CCN(C4CCCC4)CC3)nc2N)CCN1	AlphaDrug	4LM1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7675	CC1CN(C(=O)c2ccc(-c3cccc(Cl)c3)cc2NC(=O)Nc2cccc(Cl)c2)CCN1	AlphaDrug	4LM1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7676	CC1CN(C(=O)c2ccc(-c3ccc(C(F)(F)F)cc3)cc2NC(=O)Nc2ncc3cn[nH]c3n2)CCN1	AlphaDrug	4LM1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7677	CC1CN(C(=O)c2ccc(-c3cccc(Cl)c3)cc2NC(=O)Nc2ccc(C(C)(C)C)cc2)CCN1	AlphaDrug	4LM1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7678	CC1CN(C(=O)c2ccc(-c3cccc4ccccc34)cc2NC(=O)Nc2ncc3cn[nH]c3n2)CCN1	AlphaDrug	4LM1	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7679	CC1CN(C(=O)c2ccc(F)c(-c3c[nH]c4cnc(OC5CCCCC5)cc34)n2)CCN1	AlphaDrug	4LM1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7680	CC(O)CNc1nc(Nc2ccc(C(C)(C)C)cc2)ncc1-c1ccnc(N)c1	AlphaDrug	4LM1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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