DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
7696 CC1C=CC(c2ccc(S(=O)(=O)NC3CCC(O)(c4cccc5ccccc45)C3)cc2)CC1 AlphaDrug 6QAV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7697 CC12OC(CC1(O)CO)N1C2=CC(C(=O)NCCCNc2ccccc2)=Cc2cccnc21 AlphaDrug 6QAV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7698 O=S(=O)(NCc1ccccc1)c1cc2cccc(NCc3ccccc3)c2s1 AlphaDrug 6QAV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7699 CC1=CC2=C(c3cnco3)N(C3CCC(O)C3)N=NC2=CC(c2ccc(-c3ccccc3)cc2)=C1 AlphaDrug 3WTL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7700 Cc1ccc2oc(C(=O)Nc3ccc(CNC(=O)c4ccc(-c5nnc(C(C)(C)C)o5)cc4)cc3)cc(=O)c2c1 AlphaDrug 3WTL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7701 Cc1ccc(C2CCC(Nc3ncnc4ccc(-c5ccc(N6CCC(N(C)C)CC6)cc5)cc34)CC2)cc1 AlphaDrug 3WTL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7702 Cc1ccc(-n2c3ccc(-c4nnn[nH]4)cc3c3cccc(-c4ccnn4C)c32)c(C)c1 AlphaDrug 3WTL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7703 Cc1cc(Nc2nc(-c3ccc(C(=O)Nc4ccccc4)cc3)cs2)nn(CC(C)(C)O)c1=O AlphaDrug 3WTL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7704 Cc1ccc(NC(=O)c2ccc3ncnc(NC4CCC(c5ccc(C)cc5)CC4)c3c2)cc1 AlphaDrug 3WTL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7705 Cc1ccc2c(C(=O)Nc3ccc(-c4ccc(N5CCC(Nc6ncnn6C)CC5)cc4)cc3)ccc(C)c2n1 AlphaDrug 3WTL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7706 Cc1cc(Nc2cc(-c3cccc(C(=O)Nc4ccccc4)c3)ns2)nn(CC(C)(C)O)c1=O AlphaDrug 3WTL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7707 Cc1ccc2c(c1)c(C(=O)O)cn2Cc1ccc(-c2cccc(C(=O)Nc3ccc(C(F)(F)F)cc3)c2)cc1 AlphaDrug 3WTL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7708 Cc1cc(N)ccc1C1CCC(Nc2nc(-c3nc(C4CC4)ns3)nc3ccc(Cl)cc23)CC1 AlphaDrug 3WTL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7709 COC(=O)c1cc2cc(-c3n[nH]c(-c4ccc(C(=O)O)cc4)n3)ccc2[nH]1 AlphaDrug 4PP0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7710 COC(=O)c1cc2cc(S(=O)(=O)NC(C(O)C(=O)O)C(O)C(F)(F)F)ccc2[nH]1 AlphaDrug 4PP0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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