DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
7756 CN(C)C(=O)C1CCN(c2ccc(Cl)cc2CN2CCN(c3ccc(Cl)cn3)CC2)CC1 AlphaDrug 6CZC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7757 Cc1ccc(C)c2[nH]c(-c3cccc(CN4CCC(C(=O)O)CC4)c3)cc12 AlphaDrug 6CZC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7758 Cc1cc(-c2ccncc2)nn1-c1ccc(-c2ccc(OCC(=O)O)cc2)cc1 AlphaDrug 5DEX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7759 Cc1cc(-c2ccccc2)nc2ccc(OC(=O)NCc3ccc(-c4ccc(-c5ccccn5)cc4)cc3)cc12 AlphaDrug 5DEX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7760 Cc1cc(-c2ccc(-c3ccccc3)cc2)nc2ccc(OCCNCCN3CCCC3)cc12 AlphaDrug 5DEX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7761 Cc1cc(C(F)(F)F)nc2cc(OC(=O)N3CCC(C(=O)O)CC3)ccc12 AlphaDrug 5DEX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7762 Cc1cc(C(=O)O)nc2ccc(OCCNC(=O)c3ccc(-c4ccc(F)cc4)cn3)cc12 AlphaDrug 5DEX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7763 Cc1cc(-c2nnn[nH]2)nc2ccc(OCCNC(=O)c3ccc(-c4ccc(-c5cccnc5)cc4)cc3)cc12 AlphaDrug 5DEX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7764 Cc1cc(C(F)(F)F)nc2ccc(OCCNC(=O)c3cccc(OC(F)(F)F)c3)cc12 AlphaDrug 5DEX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7765 Cc1cc(N2CCOCC2=O)nc2ccc(OCCNC(=O)c3ccc(-c4ccc(-c5noc(-c6ccc(F)cc6)n5)cc4)cc3)cc12 AlphaDrug 5DEX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7766 Cc1cc(-c2ccccc2OCC(O)CN2CCOCC2)nc2ccccc12 AlphaDrug 5DEX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7767 CC(C)NC(=O)C(NC(=O)C1CC(O)CCNCC(C)Oc2ccc(OC(=O)c3ccc(Cl)cc3)cc2-c2ccc(o2)C(=O)N1)C(N)=O AlphaDrug 6GGB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7768 Cc1cc(=O)[nH]c2ccc(-c3ccc(C(=O)N4CCOCC4C)cc3)cc12 AlphaDrug 6GGB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7769 CCC1CCCN1C(=O)c1ccc(-c2cccc(C(=O)NC3CCCCC3OC(C)(C)C(=O)O)c2)cc1 AlphaDrug 6GGB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7770 Cc1ccc(-c2ccc(C(=O)N3CCOCC3C)cc2)cc1OCC1CCN(C(=O)C2CC2)C1 AlphaDrug 6GGB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

7756 to 7770 of 73725 items. Total 4915 pages.