DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
7801 CC(C)CN(CC(N)C(=O)N1COC(c2cccc3c(C(F)(F)F)cccc23)C1)C(C)(C)C AlphaDrug 5JSG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7802 CC(C)CN(CC(N)C(=O)N1COC(c2cccc3ccccc23)C1)C(=O)NS(=O)(=O)c1ccc2ccccc2c1 AlphaDrug 5JSG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7803 CC(C)CNS(=O)(=O)Nc1ccc(-c2ccc(C(=O)N(C)C)c3ccccc23)cc1 AlphaDrug 5JSG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7804 CC(C)(Cc1cc(F)cc(C(=O)CC(=O)O)c1)c1ccc(Cl)cc1 AlphaDrug 5JSG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7805 CC(C)CN(CC(N)c1ccc(C(F)(F)F)cc1)C(=O)NCC(=O)NC1CCCCC1 AlphaDrug 5JSG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7806 CCOC(C)(CC)CNC(=O)c1cccc(C(C)(C)NC(=O)c2ccc(N3CCN(C4CCC4)CC3)cc2)c1 AlphaDrug 6G2F ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7807 CC1(C)CCCN(C2CCN(c3ccc(C(=O)NC(=O)N4CCC(N5CCOCC5=O)CC4)cc3)CC2)C1 AlphaDrug 6G2F ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7808 Cc1ccc(C(=O)NCC(F)(F)F)cc1NC(=O)c1ccc(N2CCCNC2C)cc1 AlphaDrug 6G2F ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7809 CC1CCC(NC2CCN(c3ccc(C(=O)NC(=O)N(C)CCCN(C)C(=O)c4ccccc4)cc3)CC2)CC1 AlphaDrug 6G2F ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7810 CN(CCCN1CCOCC1=O)C(=O)NC(=O)c1ccc(N2CCC(N3CCCC(C)(C)CC3)CC2)c(C(F)(F)F)c1 AlphaDrug 6G2F ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7811 CC1(C)CCC(NC(=O)c2ccc(N3CCN(C4CCCCC4)CC3)cc2)CC1 AlphaDrug 6G2F ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7812 CCC1NC(=O)c2ccc(-c3ccc(C(=O)O)cc3)cc2N1c1ccccc1OC AlphaDrug 6G2F ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7813 CC1CCCN(C2=CC(CNC(=O)c3ccc(-c4cccc(C(F)(F)F)c4)cc3)CC2)CC1 AlphaDrug 6G2F ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7814 CC1(CCNC(=O)c2ccc(C(F)(F)F)cc2)C(=O)NC(=O)c2ccccc21 AlphaDrug 6G2F ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7815 Cc1c(-c2ccc(C(=O)N(C)CCN3C(C)c4ccccc4S3(=O)=O)cc2)nnn1C AlphaDrug 6G2F ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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