DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
7831 Cc1ccc(CC2CCCCC2)c2cc(Nc3cccc(C(F)(F)F)c3)ncc12 AlphaDrug 4LFU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7832 Cc1ccc(CC2=CCCN(C(=O)CCCN3CCCCC3)C2)cc1 AlphaDrug 4LFU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7833 Cc1ccc(CC2CCCCC2)c2cc(NC(=O)Nc3cccc(N4CCC(C(=O)O)CC4)n3)ccc12 AlphaDrug 4LFU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7834 Cc1ccc(CC2CCN(CCCO)CC2)cc1C(=O)NC1CCCCC1 AlphaDrug 4LFU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7835 Cc1ccc(CC2CCCCC2)cc1N1CCCC(CC2CCCCC2)CC1 AlphaDrug 4LFU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7836 Cc1ccc(CC2CCCCCC2)cc1N1CCCN(CC2CCCCC2)CC1 AlphaDrug 4LFU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7837 Cc1ccc(CC2CCCCC2)c2cc(NC(=O)NC(C)C)nc(N3CCCC3)c12 AlphaDrug 4LFU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7838 Cc1ccc(CC2CCCCC2)c2cc(NC(=O)Nc3ccc(OCCO)c(OCCO)c3)ccc12 AlphaDrug 4LFU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7839 Cc1ccc(CC2CCCCC2)c2cc(Nc3cnnc(N4CCC(C(=O)O)CC4)n3)ncc12 AlphaDrug 4LFU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7840 Cc1ccc(-c2ccc(N3CCN(C)CC3)cc2C)cc1NS(=O)(=O)c1ccc(OCCCN2CCCCC2)cc1 AlphaDrug 4LFU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7841 Cc1ccc(CC2CCCCC2)c2cc(NC(=O)NC(C)CCC(=O)O)ccc12 AlphaDrug 4LFU ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7842 Cc1ccc(CC2CCCCC2)c2cc(NC(=O)Nc3ccc(N4CC=NCC4)cn3)ccc12 AlphaDrug 4LFU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7843 Cc1ccc(CCC2CCN(S(=O)(=O)C3CCCCC3)CC2)cc1 AlphaDrug 4LFU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7844 Cc1ccc(CC2CCCCC2)c2cc(NC(=O)Nc3cccc(C(F)(F)F)c3)ccc12 AlphaDrug 4LFU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7845 Cc1ccc(CC2CCCCCCCC2)cc1C(=O)NC1CCN(CC2CCCCC2)CC1 AlphaDrug 4LFU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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