DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
7816 CC(C1CCCCCC1)N1CCCC(n2c(=O)n(C)c(=O)c3cc(Cl)ccc32)CC1 AlphaDrug 5V0N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7817 CC(C1CCCCCC1)N1CCC(n2c(=O)n(C)c(=O)c3cc(Cl)ccc32)CC1 AlphaDrug 5V0N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7818 CC(OC(=O)NCCCCCCCCC(=O)NO)C1CCCCCC1 AlphaDrug 5V0N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7819 CC(Nc1cc(Cl)ccc1N1CCC(C(=O)NC2CCCN(CC(=O)O)C2)CC1)C1CCCCCC1 AlphaDrug 5V0N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7820 CC(NC(=O)OCc1ccccc1)C1CCN(C(=O)CCc2nnnn2C)CC1 AlphaDrug 5V0N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7821 CC(C1CCCCCC1)N1CCC(n2c(-c3ccc(F)cc3)nc3ccccc32)CC1 AlphaDrug 5V0N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7822 CC(C1CCCCCC1)N1CCC(Oc2ccc(C(=O)NC3CCCC(C(=O)O)CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC4CCC43)cc2)CC1 AlphaDrug 5V0N ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7823 CC1(O)C/C=C\CCCC(CCCCC(=N)O)C(=O)C(CCCCCCCCCCCCCCCCC2CCC(C(=O)O)CC2)CC1 AlphaDrug 5V0N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7824 COc1cccc(CN2C=CN(c3ccc(C)cc3)C=C2)c1 AlphaDrug 5V0N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7825 CC(C1CCCCCC1)N1C=CC2=C(C1)N=c1c2cccccc2c(C(=O)O)cnn12 AlphaDrug 5V0N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7826 Cc1ccc(CC2CCCCC2)c2cc(NC(=O)NC(C)C)c(NC3CCCCC3)cc12 AlphaDrug 4LFU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7827 Cc1ccc(CC2CCCCC2)c2cc(NC(=O)Nc3cccc(C(F)(F)C(F)(F)F)c3)ccc12 AlphaDrug 4LFU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7828 Cc1ccc(CC2CCCCC2)c2cc(NC(=O)Nc3ccc(C(F)(F)C(F)(F)F)cc3)ccc12 AlphaDrug 4LFU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7829 Cc1ccc(CC2CCCCC2)c2cc(Nc3cccnc3)ncc12 AlphaDrug 4LFU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7830 COc1cc(OCC2CCN(C3CCCCCC3)CC2)ccc1OCCOc1ccccc1 AlphaDrug 4LFU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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