Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
7771	CC1COCCN1C(=O)c1ccc(-c2ccc3cc(C#N)ccc3c2)cc1	AlphaDrug	6GGB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7772	CC1COCCN1C(=O)c1ccc(-c2cccc(C#N)c2)cc1	AlphaDrug	6GGB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7773	CC1COCCN1C(=O)c1ccc(-c2cccc(C(=O)NC3CCCc4ccccc43)c2)cc1	AlphaDrug	6GGB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7774	CC1COCCN1C(=O)c1ccc(-c2cccc(C(=O)NC3CCCCC3C(=O)NO)c2)cc1	AlphaDrug	6GGB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7775	CC(C)NC(=O)c1cccc(-c2ccc(C(=O)N3CCOCC3C)cc2)c1	AlphaDrug	6GGB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7776	CC1COCCN1C(=O)c1ccc(-c2cccc(C(=O)NC3CCCN(c4ccc(C(=O)NC(=O)N5CCCC5)cc4)C3)c2)cc1	AlphaDrug	6GGB	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7777	O=C1N=C(Nc2ccc(Oc3ccc(-c4nc5ccccc5o4)cc3)cc2Cl)N1	AlphaDrug	4ZEC	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7778	O=C1N=Cc2ccc(Oc3ccc(NC4NC(=O)N(Cc5ccccc5)C4=O)cc3)cc21	AlphaDrug	4ZEC	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7779	O=C1N=C(Nc2ccc(Oc3ccc(-c4nc5ccccc5o4)cc3)cc2)NC1=O	AlphaDrug	4ZEC	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7780	O=C1NC(Nc2ccc(Oc3ccc(-c4cc(F)ccn4)cc3)cc2)=N/C1=N/c1ccccc1	AlphaDrug	4ZEC	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7781	O=C1CC(Nc2ccc3c(c2)OCO3)(Nc2ccc(Oc3ccc(-c4nc5ccccc5o4)cc3)c3ccccc23)N1	AlphaDrug	4ZEC	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7782	O=c1[nH]nc(Nc2ccc(Oc3ccc(-c4nc5ccccc5o4)cc3)c3ccccc23)[nH]1	AlphaDrug	4ZEC	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7783	N#Cc1ccc2nc(Nc3ccc(Oc4ccc(-c5nc6ccccc6o5)cc4)c4ccccc34)[nH]c(=O)c2c1	AlphaDrug	4ZEC	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7784	O=C(Nc1ccc(O)cc1)Nc1ccc(O)c(-c2cccc(F)c2)c1	AlphaDrug	4ZEC	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7785	N#CN/N=C1\N=C(Nc2ccc(Oc3cccc(-c4ccccc4)c3)cc2)NC1=O	AlphaDrug	4ZEC	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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