DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
7711 COC(=O)c1cc2cc(S(=O)(=O)NC(=O)c3ccc(Cl)cc3)ccc2o1 AlphaDrug 4PP0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7712 COC(=O)c1c(C)c(=O)c2ccc(Oc3ccc(C#CCc4ccccc4)cc3)cc2oc1=O AlphaDrug 4PP0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7713 COCC(=O)c1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(C(=O)O)cc2)cc1 AlphaDrug 4PP0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7714 COC(=O)c1ccc(NC(=O)c2ccc(-c3ccccc3O)cc2)cc1 AlphaDrug 4PP0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7715 COC(=O)c1cc2cc(S(=O)(=O)NC(C(O)C(=O)O)C(F)(F)F)ccc2[nH]1 AlphaDrug 4PP0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7716 COC(=O)c1cc2ccc(S(=O)(=O)NC(C(=O)O)C(O)c3ccc(O)cc3)cc2[nH]1 AlphaDrug 4PP0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7717 COC(=O)c1cc2cc(S(=O)(=O)NC(C(N)=O)c3cccc(Cl)c3)ccc2[nH]1 AlphaDrug 4PP0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7718 COC(=O)c1cc2oc(=O)cc(Oc3ccc(C#CCc4cccc(OC(F)(F)F)c4)cc3)c2[nH]1 AlphaDrug 4PP0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7719 O=C(NC1CCCCC1)c1ccc(-c2ncc(-c3cccc(Cl)c3)o2)cc1 AlphaDrug 5QTT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7720 N#Cc1ccc(C(=O)Nc2cccc(-c3ccc(Cl)cc3)c2)cc1 AlphaDrug 5QTT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7721 Cc1ccc(C2CC2)c2ncn(-c3ccc4c(Cl)cccc4c3)c(=O)c12 AlphaDrug 5QTT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7722 Clc1ccc(-n2nnc3cc(-n4cnc5ccccc54)ccc32)cc1 AlphaDrug 5QTT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7723 O=C(NC1CCCCC1)c1ccc(-n2nnc(-c3ccc(Cl)cc3)c2CN2CCCC2)cc1 AlphaDrug 5QTT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7724 O=C(NC1CCCCC1)c1ccc(-c2ccc(-c3cc4cccc(Cl)c4o3)cc2)cc1 AlphaDrug 5QTT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7725 O=C(c1ccc(Cl)cc1)N1CCCC1Cc1ccc(-c2ccc(C(F)(F)F)cc2)cc1 AlphaDrug 5QTT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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