DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
7741 COC(C(=O)N1CCC(c2cc(-c3cccc4ccccc34)ccc2C(=O)O)CC1)c1ccccc1 AlphaDrug 5VOJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7742 COc1ccc(Oc2ccc(C)cc2C(=O)N2CCC(c3ccc(C(=O)O)cc3)CC2)cc1 AlphaDrug 5VOJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7743 COc1ccc(-c2cc3c(O)c(C(=O)NC4CCCCC4NC(=O)c4ccc(C(=O)O)cc4)ccc3o2)cc1 AlphaDrug 5VOJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7744 COc1ccc(Oc2ccc(-c3cccc(C)c3)cc2)cc1-n1cnc2ccccc2c1=O AlphaDrug 5VOJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7745 COc1ccc(-c2cc3c(O)c4c(O)ccc(C)c4cc3o2)cc1 AlphaDrug 5VOJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7746 COc1ccc(-c2cc3nc(N4CCN(c5ccc(C(F)(F)F)cc5)CC4)[nH]c3cc2F)cc1 AlphaDrug 5VOJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7747 COc1ccc(C(=O)NC2CCCCC2NC(=O)c2ccc(C(=O)O)cc2)cc1-c1nc2c(C)cc(C)cc2[nH]1 AlphaDrug 5VOJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7748 Cc1ccc(NC(=O)CN2CCC(c3cccc4cnncc34)CC2)cc1Cl AlphaDrug 6CZC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7749 Cc1ccc(C)c2c1oc(=O)c1cc(-c3ccc(C(=O)O)cc3)ccc12 AlphaDrug 6CZC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7750 Cc1ccc(C)n2cc(-c3ccc(C(=O)NCc4ccccc4OCCCN4CCOCC4)cc3)nc12 AlphaDrug 6CZC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7751 Cc1cccc(-c2ccc(-c3ccc(C(=O)NCc4ccccc4)cc3)cc2)c1 AlphaDrug 6CZC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7752 Cc1cccc2c1CCN(C1CCCN(C(=O)C3=Nc4ccccc4C3)C1)C2=O AlphaDrug 6CZC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7753 Cc1ccc(C)c(-c2ccc(C(=O)Nc3ccc(F)cc3-c3ccccc3)cc2)n1 AlphaDrug 6CZC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7754 Cc1ccc(C(=O)NCc2ccc(OC(F)(F)F)cc2)cc1-c1ccccc1 AlphaDrug 6CZC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7755 Cc1ccc(C)c(-c2ccc(-c3ccc(C(=O)NC4C=CCCC4)cc3)cc2)c1 AlphaDrug 6CZC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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