DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
7681 CC1CN(C(C(=O)NC2CCN(C(=O)Nc3ccc(Cl)cc3)CC2)c2ccccc2)CCN1 AlphaDrug 4LM1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7682 COc1cc(C(=O)NCC(F)(F)F)ccc1NC(=O)c1cc(C(F)(F)F)ccc1O AlphaDrug 5VB6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7683 COc1cc(F)ccc1-c1cc(C(=O)NCC(F)(F)F)ccc1C(=O)O AlphaDrug 5VB6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7684 COCCN1C=CC(Nc2cc(-c3cc(-c4ncc(C(F)(F)F)cn4)cc4c(C)c(Cl)cnc34)ccn2)CC1 AlphaDrug 5VB6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7685 COc1cc(-c2cc(C(F)(F)F)ccc2O)ccc1C(=O)NC(C(=O)O)C(C)C AlphaDrug 5VB6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7686 COc1cc(C(=O)NCC(F)(F)F)ccc1NC(=O)c1cc(C(=O)NC(C(=O)O)C(C)C)ccc1C AlphaDrug 5VB6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7687 COc1cc(C(C)(C)O)ccc1-n1cc(-c2cc(C(=O)NCC(=O)O)ccc2C)cnc1=O AlphaDrug 5VB6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7688 COc1ccc(C(=O)NCc2ccccc2CCC/C=N/C(=O)c2ccc(C(F)(F)F)cc2)cc1OC AlphaDrug 5VB6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7689 COc1cc(C(=O)O)ccc1-c1ccc2c(c1)C(=O)OCC2 AlphaDrug 5VB6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7690 COc1ccc(C(=O)N(CC(=O)O)C(=O)c2ccc(-c3ccc(C(F)(F)F)cc3)cc2)cc1OC AlphaDrug 5VB6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7691 CC1CN(C(=O)c2ccc(OC(F)(F)F)cc2)CCN1C(=O)c1ccc(Nc2ccccc2)cc1 AlphaDrug 6QAV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7692 CC12OC(CC1(O)CO)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C=NC4=O AlphaDrug 6QAV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7693 CC12OC(CC1(O)CO)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C=NC4=O AlphaDrug 6QAV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7694 CCc1ccccc1NC(=S)Nc1ccc(OCc2ccccc2)cc1 AlphaDrug 6QAV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7695 CN(C)Cc1ccc(NC(=S)Nc2cccc(OCC(=O)NCCN3CCOC3)c2)cc1 AlphaDrug 6QAV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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