DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
7636 O=C(NCc1ccccc1)c1ccc(C(=O)N2CCCCC(NC(=O)c3ccc(Nc4cccc(C(F)(F)F)c4)c(C(F)(F)F)c3)C2)cc1 AlphaDrug 5F74 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7637 Cn1nnnc1C1CC(NC(=O)c2ccc(Nc3cccc(C(F)(F)F)c3)c(C(F)(F)F)c2)CN(C(=O)NC(=O)NC2CCCCCC2)C1 AlphaDrug 5F74 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7638 O=C(NC1CCCCN(C(=O)c2ccccc2)C1)c1ccc(Nc2cccc(C(F)(F)F)c2)c(C(F)(F)F)c1 AlphaDrug 5F74 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7639 O=C(CNC(=O)c1ccc(NC(=O)c2c[nH]c3ccccc23)c(C(F)(F)F)c1)NC1CCCCN1C(=O)c1ccc(C(F)(F)F)cc1 AlphaDrug 5F74 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7640 O=C(NCCO)c1ccc(Nc2cccc(CN3CCN(C(=O)C(F)(F)F)CC3)c2)c(C(F)(F)F)c1 AlphaDrug 5F74 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7641 CC(O)(C(=O)O)c1ccc(-c2ccc(C(=O)NC(CC(=O)O)c3ccccc3)s2)cc1 AlphaDrug 5F74 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7642 CC(C)c1ccc(C(=O)N2CCC(NC(=O)c3ccc(C(=O)O)cc3)CC2)cc1O AlphaDrug 5NY1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7643 CC(C)c1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(NC(=O)c3ccc(-c4ccc5ccccc5c4)cc3)CC2)cc1 AlphaDrug 5NY1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7644 CC(C)c1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(CC(C(N)=O)C(=O)O)N(C)CC2)cc1 AlphaDrug 5NY1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7645 CC(C)c1ccc(S(=O)(=O)N2CCN(C3CCCCC3)CC2)cc1 AlphaDrug 5NY1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7646 CC(NC(=O)c1cc(-c2cccc(OCC3CCCCCC3)c2)on1)c1ccccc1 AlphaDrug 5NY1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7647 COC(=O)CC(CCC(=O)NS(=O)(=O)c1ccc(C(C)C)cc1)(Cc1ccccc1)C(=O)NCC(C)C AlphaDrug 5NY1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7648 CC(C)c1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(NC(=O)c3ccc(-c4cccc5ccccc45)cc3)CC2)cc1 AlphaDrug 5NY1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7649 CC(C)c1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(NC(=O)c3ccc(N4CCNCC4)cc3)CC2)cc1 AlphaDrug 5NY1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7650 CC(C)CNC(=O)C1CCCN(S(=O)(=O)c2ccc(C(C)C)cc2)c2ccccc21 AlphaDrug 5NY1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

7636 to 7650 of 73725 items. Total 4915 pages.