DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
7621 CC(C)(CNC(=O)c1cc(-c2ccccc2OCC2CCCCC2)cc(O)c1O)S(C)(=O)=O AlphaDrug 5E2S ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7622 NS(=O)(=O)c1ccc(N2CCN(c3ccc(Cl)cc3)CC2)c(S(=O)(=O)C2CC2)c1 AlphaDrug 6EYT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7623 NS(=O)(=O)c1cccc(N2CCN(c3ccc(Cl)cc3)CC2)c1 AlphaDrug 6EYT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7624 NS(=O)(=O)c1cc(Cn2cnc3c(-c4ccccc4)cncc3c2=O)ccc1Cl AlphaDrug 6EYT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7625 NS(=O)(=O)c1cc(N2CCCC2)c(Cl)cc1F AlphaDrug 6EYT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7626 NS(=O)(=O)c1cc(Cn2cnc3ccccc32)ccc1N1CC(OCC2CC2)CC1=O AlphaDrug 6EYT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7627 NS(=O)(=O)c1cc(Cl)c(SCCc2ccccc2)c(Cl)c1 AlphaDrug 6EYT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7628 NS(=O)(=O)c1cc(Cn2cnc3ccccc32)cc(S(=O)(=O)c2cccc(C(F)(F)F)c2)c1 AlphaDrug 6EYT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7629 NS(=O)(=O)c1cc(COc2ccc3c(c2)OCCO3)ccc1Cl AlphaDrug 6EYT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7630 NS(=O)(=O)c1cc(CC2CCCCCC2)ccc1N1C(=O)CNCC1(F)F AlphaDrug 6EYT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7631 NS(=O)(=O)c1cc(Cn2cnc3ccccc32)cc(C2CC2)c1F AlphaDrug 6EYT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7632 O=C(NCCCc1ccccc1)c1nn(-c2ccc(O)c(C(F)(F)F)c2)c2ccccc12 AlphaDrug 5F74 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7633 CN(C)C(=O)c1ccc(-c2ccc(C(=O)NC(CCC(=O)O)c3ccc4ccccc4c3)cc2)cc1 AlphaDrug 5F74 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7634 O=c1c(COC2CC2)cn(-c2ccc(Nc3cc(Cl)cc(Cl)c3)c(C(F)(F)F)c2)c(=O)n1CC(F)(F)F AlphaDrug 5F74 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7635 O=C(CC(NC(=O)N1CCCN(c2ccc(Nc3cccc(C(F)(F)F)c3)c(C(F)(F)F)c2)CC1)C(=O)NCc1ccccc1)NCc1ccccc1 AlphaDrug 5F74 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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