DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
7591 O=C(NC1(c2c[nH]c3ccc(F)cc23)CCC(C(O)c2ccc(F)c(F)c2)CC1)C1CCC(O)(c2ccc(Cl)cc2)CC1 AlphaDrug 1AI4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7592 OC(c1ccc(F)c(F)c1)C1CCC(OCc2ccc(OCCC3CC3)cc2)(c2c[nH]c3ccc(F)cc23)CC1 AlphaDrug 1AI4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7593 CC(C)CC1CCCN1S(=O)(=O)c1ccc(-c2cccc(-c3cccc(C(=O)O)c3)c2)cc1 AlphaDrug 4XOC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7594 CC(C)C(C)CNC(=O)Nc1ccc(-c2cccc(-c3cccc(C(=O)O)c3)c2)cc1 AlphaDrug 4XOC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7595 CCc1c(C)ccc(C)c1C(=O)NCc1ccc(-c2cccc(-c3cccc(C(=O)O)c3)c2)cc1 AlphaDrug 4XOC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7596 CC(C)CNS(=O)(=O)c1ccc(-c2cccc(-c3cccc(C(=O)O)c3)c2)cc1 AlphaDrug 4XOC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7597 NC(=O)Cc1cccc2ccc(-c3ccc(S(=O)(=O)O)cc3)cc12 AlphaDrug 4XOC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7598 Cc1cccc2ccc(-c3ccc(CC(C)(C)c4ccc(Cl)c(O)c4)cc3)cc12 AlphaDrug 4XOC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7599 COC(=O)C1CCC(Nc2ccc(-c3cccc(-c4cccc(C(=O)O)c4)c3)cn2)CC1 AlphaDrug 4XOC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7600 CCC1(C)c2cc(-c3cccc(F)c3)ccc2Cn2nnnc2NC(=O)C(C)(C)N(C)CC1(C)C AlphaDrug 4XOC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7601 CC(OC(=O)C1CCC(NC(=O)Cc2ccc(-c3cccc(-c4cccc(F)c4)c3)cc2)CC1)C(C)C(=O)O AlphaDrug 4XOC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7602 CC(C)CNC1CCCC(NS(=O)(=O)c2ccc(-c3cccc(-c4cccc(C(=O)O)c4)c3)cc2)C1 AlphaDrug 4XOC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7603 Cc1ccc(-c2ccc(N3CCCCC3NC(=O)c3cccc(O)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 5MN1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7604 O=C(NCC(CCc1ccc2ccccc2c1)NC(=O)c1ccccc1)NC(=O)C(NCC1CC1)c1ccc(O)cc1 AlphaDrug 5MN1 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7605 O=C(NC1CCCCCN1c1cccc(-c2ccccc2)c1)c1cccc(O)c1 AlphaDrug 5MN1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

7591 to 7605 of 73725 items. Total 4915 pages.