Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
7651	CC(C)c1ccc(S(=O)(=O)N2CCCCC(c3ccc(C(N)=O)cc3)C2)cc1	AlphaDrug	5NY1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7652	CC(C)n1c2ccccc2c2cc(-c3nc(NC4C=CN(CC(N)=O)CC4)ncc3F)ccc21	AlphaDrug	5N0F	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7653	CC(C)n1c2ccccc2c2cc(-c3nc(NC4CCN(C(=O)c5ccccc5)CC4)ncc3F)ccc21	AlphaDrug	5N0F	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7654	CC(C)n1c2ccccc2c2cc(C(=O)NCC3CCN(C(=O)NCC(=O)N4CCSC4)CC3)cnc21	AlphaDrug	5N0F	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7655	CC(C)n1c2ccccc2c2cc(-c3nc(N)[nH]c3-c3cccc(C(=O)O)c3)ccc21	AlphaDrug	5N0F	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7656	CC(C)n1c2ccccc2c2cc(-c3nc(NC4CC4)n[nH]c3=O)ccc21	AlphaDrug	5N0F	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7657	CC(C)n1c2ccccc2c2cc(-c3nc(NC4CCN(C(=O)c5ccccc5)CC4)nc(OC(F)(F)F)n3)ccc21	AlphaDrug	5N0F	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7658	CC(C)n1c2ccccc2c2cc(-c3ccnc(Nc4ccc(OCCN5CCNCC5)c(C(F)(F)F)c4)c3)[nH]c(=O)c21	AlphaDrug	5N0F	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7659	CC(C)n1c2ccccc2c2cc(-c3nc(NC4CCN(C(=O)c5ccccn5)CC4)n[nH]3)ccc21	AlphaDrug	5N0F	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7660	CC(C)n1c2ccccc2c2cc(-c3nc(NC4CCN(C(=O)c5ccc(O)cc5)CC4)ncc3F)ccc21	AlphaDrug	5N0F	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7661	CC(C)C(NC(=O)/N=C(\N)C(CC1CCCCC1)NC(=O)c1cc2c3ccccc3n(C(C)C)c2c(=O)[nH]1)C(=O)O	AlphaDrug	5N0F	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7662	Cn1nc(-c2ccc(F)cc2)cc1N1CCN(c2ccc(C(=O)N3CCC(N4CCCC4=O)CC3)cc2)CC1	AlphaDrug	5IHH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7663	Cn1nc(-c2ccnc3ccccc23)cc1N1CCN(c2ccc(C(=O)N3CCC(c4ccccc4)CC3)cc2)CC1	AlphaDrug	5IHH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7664	Cn1nc(N2CCOCC2)cc1N1CCN(c2ccc(C(=O)N3CCC4(CCNCC4)NC(=O)c4ccccc4C3)cc2)CC1	AlphaDrug	5IHH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7665	Cn1nc(-c2ccc(Cl)cc2)cc1N1CCN(c2cccc(C(=O)N3CCC3)c2)CC1	AlphaDrug	5IHH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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