DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
7906 Cc1ccc(-n2nc(Cc3ccc(C(=O)O)cc3)c3ccccc32)cc1 AlphaDrug 4LFU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7907 Cc1ccc(CC2CCCCC2)c2cc(NC(=O)Nc3ccc(C4CC4)c(NC(C)C)c3)ccc12 AlphaDrug 4LFU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7908 Cc1ccc(Cc2cc(NS(C)=O)nc3ccc(NC(C)C)cc23)cc1 AlphaDrug 4LFU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7909 Cc1ccc(CC2CCCCC2)c2cc(NC(=O)Nc3cccc(N4C=CC(C(=O)O)CC4)c3)ccc12 AlphaDrug 4LFU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7910 Cc1cc(-c2ccc(N3CCN(C4CCCCC4)CC3)cc2C)ccc1Cl AlphaDrug 4LFU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7911 Cc1ccc(CC2CCCCC2)cc1N1CCC(CCO)CC1 AlphaDrug 4LFU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7912 Cc1cc(-c2ccc(NC3CCC(N4CCCCC4)CC3)nc2C)ccc1Cl AlphaDrug 4LFU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7913 Cc1ccc(CC2CCCCC2)c2cc(NC(=O)Nc3cccc(C(F)(F)C(F)(F)F)c3)ncc12 AlphaDrug 4LFU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7914 Cc1cc(CC2CCCCC2)nc(-c2ccc(OC3CCCCC3)cc2)n1 AlphaDrug 4LFU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7915 Cc1ccc(CC2CCCCC2)c2cc(C3CCCCCC3)[nH]c12 AlphaDrug 4LFU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7916 Cc1ccc(CC2CCCCC2)c2ccc(NC(=O)NC(C)C)c(NS(=O)(=O)C3CCCCC3)c12 AlphaDrug 4LFU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7917 Cc1ccc(CC2CCCCC2)cc1N1CCC(CCc2ccc(OCCO)c(O)c2)CC1 AlphaDrug 4LFU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7918 Cc1ccc(CC2CCCCC2)c2cc(NC(=O)Nc3ccccc3)ccc12 AlphaDrug 4LFU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7919 Cc1ccc(CCN2CCN(C3CCCCC3)CC2)cc1 AlphaDrug 4LFU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7920 Cc1ccc(CC2CCCNC2)cc1C(=O)NC1CCCCCC1 AlphaDrug 4LFU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

7906 to 7920 of 73725 items. Total 4915 pages.