DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
7951 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(O)cc2)cc1 AlphaDrug 6JAQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7952 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(O)c(CO)c2)cc1 AlphaDrug 6JAQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7953 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(O)c(C(=O)NCCc3ccc(-c4ccccc4)cc3)c2)cc1 AlphaDrug 6JAQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7954 Cn1c(=O)ccc2ccc(C(=O)NCc3ccccc3)nc21 AlphaDrug 6JAQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7955 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(O)c(C(=O)NCCCCCN)c2)cc1 AlphaDrug 6JAQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7956 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(OCc3cc(F)ccc3OC)cc2)cc1 AlphaDrug 6JAQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7957 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(O)c(CO)c2)cc1 AlphaDrug 6JAQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7958 COc1ccccc1C(O)CSc1cccc(O)c1 AlphaDrug 6JAQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7959 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(OP(=O)(O)O)cc2)cc1 AlphaDrug 6JAQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7960 COc1ccc(-c2cc3cc(O)ccc3c(O)c2C(=O)OC(C)(C)C)cc1 AlphaDrug 6JAQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7961 Cc1ccc(CO)c(S(=O)(=O)Nc2ccc(C(=O)Nc3cccc(C(F)(F)F)c3)s2)c1 AlphaDrug 5LTN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7962 COc1ccc(NC(=O)c2ccc(C(F)(F)F)cc2)cc1C(=O)Nc1cccc2[nH]ncc12 AlphaDrug 5LTN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7963 Cc1ccc(N2CCCC2C(=O)O)cc1-c1cnc2ccc(S(=O)(=O)N3CCN(c4cccc5ncccc45)CC3)cc2n1 AlphaDrug 5LTN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7964 Cc1ccc(N2CCCC2C(=O)O)cc1-c1cccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(C(F)(F)F)c2)c1 AlphaDrug 5LTN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7965 Cc1ccc(N2CCCC2C(=O)O)cc1-c1cnc2c(N)c(-c3cncnc3)cnc2n1 AlphaDrug 5LTN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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