DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
7981 O=S1(=O)NC(Nc2cccc(-c3cccc(C(F)(F)F)c3)c2)=NC1O AlphaDrug 6E6M ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7982 O=C(NCC(F)(F)F)C1C(O)CCc2c(ccc3cc(O)ccc23)N1c1ccc(F)cc1 AlphaDrug 6E6M ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7983 O=C(NC(=O)c1ccc2ccc(NC3CC(O)C3)cc2c1)Nc1ccccc1 AlphaDrug 6E6M ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7984 Cc1cc(Cl)c(-c2cccc(C(F)(F)F)c2)cc1C1(O)Cc2ccccc2C1 AlphaDrug 6E6M ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7985 O=C(CNc1ccccc1)N1CCC(O)C(O)C1Nc1ccccc1C(F)(F)F AlphaDrug 6E6M ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7986 Oc1c(-c2ccccc2)cc(-c2ccccc2)n1-c1ccc(C(F)(F)F)cc1 AlphaDrug 6E6M ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7987 COc1ccc2cc(-c3cc4ccc(OC(F)(F)F)cc4[nH]3)ccc2c1 AlphaDrug 6E6M ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7988 OC1CCN(c2ccc(F)cc2)C(c2cccc(C(F)(F)F)c2)c2ccccc21 AlphaDrug 6E6M ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7989 O=S(=O)(Nc1ccc(-c2ccccc2)cc1O)c1ccc(OCC2CC2)cc1 AlphaDrug 6E6M ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7990 O=S(=O)(NC1CC(O)C1)c1ccc(-c2ccc3ccccc3c2)cc1 AlphaDrug 6E6M ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7991 CNC(=O)c1cc(C)c(-c2ccc3c(c2)CCC3OCC(C)(C)C(=O)c2cccc(Cl)c2)cc1O AlphaDrug 6MD0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7992 CC1(C)CCCC(C)(C(=O)Nc2cc(F)c(S(=O)(=O)c3cccc(-c4ccc(F)cc4)c3)c(Cl)c2)C1 AlphaDrug 6MD0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7993 CC1(C)CCN(C(=O)C2CCC(OCc3ccc(C(F)(F)F)cc3)CC2)CCN1c1cccc(C(F)(F)F)n1 AlphaDrug 6MD0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7994 Cc1cc(C)c(C(=O)O)c(/N=C/C(=O)N2CCN(c3ccc(-c4ccc(C)c(NCc5ccccc5C(F)(F)F)c4)c(Cl)c3)C(C)(C)CC2)n1 AlphaDrug 6MD0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7995 Cc1ccc(-c2ccc(N3CCN(C(=O)CNc4ncc(C(F)(F)F)cn4)CCC3(C)C)cc2Cl)cc1NCc1ccccc1C(F)(F)F AlphaDrug 6MD0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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