Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
7921	CC1(C)CCC(NC(=O)c2ccc(OC(F)(F)F)cc2)c2ccccc21	AlphaDrug	4PFT	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7922	Cc1ccc(NC(=O)NC2CCCC(C)(C)CC2)cc1S(=O)(=O)NC1CCCC(O)C(O)C2CC(=O)C(O)(CO)C(C(=O)O)OC(C(O)CO)C12	AlphaDrug	4PFT	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7923	Cc1cc(NC(=O)c2ccc(OCCCCCCCCC3C(O)C(C)OC(NC(=O)OC4CCCCCC4)C3(C)C)cc2)on1	AlphaDrug	4PFT	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7924	CC1(C)CCCCN(C(=O)c2ccc(C(=O)O)cc2OCc2ccc(S(N)(=O)=O)cc2)C1	AlphaDrug	4PFT	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7925	COc1cc(C(=O)NC2CCCC(C)(C)CC2)ccc1CNC(=O)Oc1ccc2ccccc2n1	AlphaDrug	4PFT	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7926	Cc1ccc(C(=O)NC2CCCC(C)(C)CC2)c(Oc2ccc(F)cc2)n1	AlphaDrug	4PFT	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7927	CC1(C)CCCC(NC(=O)c2ccc(CNC(=O)Oc3ccc4ccncc4c3)cc2)CC1	AlphaDrug	4PFT	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7928	CC1(C)CCCC(NC(=O)c2cncc(N3CCCCC3C(=O)NC(=O)NC3CCCCCC3)n2)CC1	AlphaDrug	4PFT	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7929	Cc1ccc(C(=O)N(CC(F)(F)F)C2CCCC(C)(C)Oc3ccc(CCN4CCCCC4)cc3OC2)cc1	AlphaDrug	4PFT	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7930	Cc1ccc(C(=O)NC2CCC(C)(n3nc(C)nc3C(=O)NC(CCCN=C(N)N)c3ccc(-c4cccnc4)cc3)CC2O)cc1	AlphaDrug	4PFT	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7931	Cc1nnc(-c2ccc(S(=O)(=O)N3CC(O)CC3C(=O)NCC(F)(F)F)cc2)[nH]1	AlphaDrug	6CSP	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7932	Cc1nnc(-c2ccc3c(c2)C(CN(Cc2ccccc2)C(=O)C(Cc2cccc(O)c2)NC(=O)C(CC(C)(C)C)NC(=O)C(N)C(=O)O)C3)o1	AlphaDrug	6CSP	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7933	Cc1nnc(-c2ccc3c(c2)OC(CN(Cc2ccccc2)C(=O)C(C)(C)C)C3)[nH]1	AlphaDrug	6CSP	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7934	Cc1ccc2ccc(Cc3cccc(O)c3)cc2c1	AlphaDrug	6CSP	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7935	Cc1nnc(-c2ccc3c(c2)cc(C)n3-c2ccc(Cl)c(O)c2)o1	AlphaDrug	6CSP	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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