Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
8026	CC(C)C(NC(=O)c1cc(-c2ccc(Cl)cc2O)ccc1O)C(=O)c1cncc(Cl)c1	AlphaDrug	6OE1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8027	CC(C)C(NC(=O)c1cc(-c2ccc(Cl)cc2Cl)ccc1O)c1c[nH]c2ccccc12	AlphaDrug	6OE1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8028	Cc1ccc(C(=O)O)cc1C(=O)NC(C(=O)NS(=O)(=O)c1cccc(O)c1)C(C)C	AlphaDrug	6OE1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8029	CC(C)C(NC(=O)c1cc(C(C)(C)c2cnnn2CC(=O)O)ccc1F)C(F)(F)F	AlphaDrug	6OE1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8030	Cc1ccc(-c2ccc3c(c2)CCC3)cc1C(=O)NC(c1ccc(C(=O)O)cc1)C(C)C	AlphaDrug	6OE1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8031	CN1CCCN(S(=O)(=O)c2cc(C(=O)NCc3ccc(O)cc3)ccc2NC(=O)C(C)(C)C)CC1	AlphaDrug	5ZC5	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8032	CC(C)(C)CC(NC(=O)Nc1ccc(-c2cccc(N3CCCC3c3cccc(-c4ccc(C(=O)O)cc4)c3)c2)cc1)c1ccccc1	AlphaDrug	5ZC5	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8033	CC(C)(C)OC(=O)N1CCCCC1NC(=O)c1ccc(NC(=O)C(C)(C)C)c(S(=O)(=O)N2CCC(C3CCCC3)CC2)c1	AlphaDrug	5ZC5	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8034	CC(C)(C)C(=O)Nc1ccc(C(=O)O)cc1S(=O)(=O)N1CCCN(S(=O)(=O)c2ccc(N)cc2)CC1	AlphaDrug	5ZC5	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8035	CC(C)(C)C(=O)Nc1ccc(C#N)cc1S(=O)(=O)N1CCC(c2cccc(O)c2)CC1	AlphaDrug	5ZC5	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8036	CC(C)(C)C(=O)Nc1ccc(C(=O)NCC(=O)O)cc1S(=O)(=O)N1CCC(O)(C(=O)NCc2ccc(F)cc2)C1	AlphaDrug	5ZC5	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8037	CC(C)(C)C(=O)Nc1ccc(C(=O)NCCS(=O)(=O)c2ccccc2)cc1S(=O)(=O)N1C=CC(c2cccc(C(F)(F)F)c2)CC1	AlphaDrug	5ZC5	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8038	CC(C)(C)C(=O)Nc1ccc(C(N)=O)cc1S(=O)(=O)N1CCCN(c2cccc(-c3ccc(C(=O)O)cc3)c2)CC1	AlphaDrug	5ZC5	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8039	CC(C)(C)C(=O)Nc1ccc(C(=O)NCC(=O)O)cc1S(=O)(=O)N1CCC(c2ccc(C(F)(F)F)cc2)CC1	AlphaDrug	5ZC5	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8040	CC(C)(C)C(=O)Nc1ccc(N2CCC(C(=O)NC3Cc4ccc(O)cc4C3)CC2)cc1S(=O)(=O)N1CCC(N2CCC(C(=O)NO)CC2)CC1	AlphaDrug	5ZC5	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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