DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
8056 COc1ccc(NC(=O)c2ccc(C)c(C)c2)cc1C(=O)N1CCC(Nc2ncc(C(F)(F)F)cn2)CC1 AlphaDrug 5O9Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8057 COc1ccc(CN2CCC(c3nc4ccc(Cl)cc4[nH]3)CC2)cc1C(=O)N1CCC(C(=O)Nc2ccc3ccccc3c2)CC1 AlphaDrug 5O9Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8058 COc1ccc(CN2CCC(c3nc4ccc(Cl)cc4[nH]3)CC2)cc1S(=O)(=O)N1CCOCC1 AlphaDrug 5O9Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8059 COc1ccc(CN2CCC(c3nc4ccc(Cl)cc4[nH]3)CC2)cc1C(=O)N1CCN(c2cnc(OC)c3ccccc23)CC1 AlphaDrug 5O9Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8060 Cc1cnc(OC(F)F)c2[nH]c(NC3CCC(C(=O)N4CCN(C)CC4)CC3)nc12 AlphaDrug 5OWL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8061 CNC1CC2OC(C)(C1O)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C(=O)N=C4 AlphaDrug 5OWL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8062 CNC1CC2OC(C)(C1O)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccncc6n2c5c31)C(=O)N=C4 AlphaDrug 5OWL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8063 CNC(=O)c1cc(Nc2nc(N)c3c(-c4ccc(OC)cc4)c[nH]c3n2)ccn1 AlphaDrug 5OWL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8064 CNC1CC2OC(C)(C1OC)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C(=O)N=C4 AlphaDrug 5OWL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8065 CNC1CC2OC(C)(C1OC)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C(=O)N=C4 AlphaDrug 5OWL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8066 CNC1CC2OC(C)(C1O)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C(=O)N=C4 AlphaDrug 5OWL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8067 CNC1CC2OC(C)(C1OC)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6cccnc6n2c5c31)C(=O)N=C4 AlphaDrug 5OWL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8068 CNC1CC2OC(C)(C1C)n1c3ccc(C(=O)O)cc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C(=O)N=C4 AlphaDrug 5OWL ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8069 Cc1c(-c2ccncc2NC(=O)NC2CCCCCC2)sc2ccc(CN3CCC(N(C)C)CC3)cc12 AlphaDrug 5OWL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8070 Cc1ccccc1-c1ccc(COc2ccc(-c3nnn[nH]3)cc2)cc1 AlphaDrug 5LZ4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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