Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
8086	O=C(Cc1ccc(-c2oc(O)cc2O)cc1)N1CCCN(c2cccc(NS(=O)(=O)c3ccc(Cl)cc3)c2)CC1	AlphaDrug	6MJF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8087	O=C(Nc1cccc(N2CCCN(C(=O)Cc3ccc(-c4oc(O)cc4O)cc3)CC2)c1)C1CC1	AlphaDrug	6MJF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8088	Oc1ccc(-c2ccc(COc3ccccc3)nc2)cc1	AlphaDrug	6MJF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8089	Oc1ccc(-c2cc3ccccc3n2-c2ccc(O)cc2)cc1	AlphaDrug	6MJF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8090	COC1CN(C(=O)c2ccc(Cl)cc2)CCC1N(C)c1ccc(C(=O)NC2CCCCNC2)cc1	AlphaDrug	6HZB	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8091	CN(C(=O)NC(Cc1ccccc1)C(N)=O)C1CCN(c2ccc(C(=O)NC3CCCCCN3C(=O)c3ccc(Cl)cc3)cn2)C1	AlphaDrug	6HZB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8092	CN(C(=O)Nc1cccc(Cl)c1)C1CCN(c2ccc(C(=O)NC3CCCCCN3C(=O)c3ccccc3)cn2)C1	AlphaDrug	6HZB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8093	CN(C(=O)CCCCN1CCCC1)C1CCN(c2ccc(C(=O)NCc3cc4cc(Cl)ccc4[nH]3)cn2)C1	AlphaDrug	6HZB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8094	CN(c1ccc(C(F)(F)F)cc1)C1CCN(c2ccc(C(=O)NCCCN3CCCCC3)cn2)C1	AlphaDrug	6HZB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8095	CN(C(=O)CNC1CCCCC1)C1CCN(c2ccc(C(=O)NC3CCCCCN3C(=O)c3ccc(Cl)nc3)cn2)C1	AlphaDrug	6HZB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8096	CNC(Cc1ccc(-c2ccc(OC)cc2)cc1)c1ccc(C(=O)Nc2ccc(N3CCN(c4ccccc4)CC3)cc2)cc1	AlphaDrug	6HZB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8097	CN(c1ccc(N2CCN(c3ccccc3)CC2)c(Cl)c1)C1CCN(c2ccc(C(F)(F)F)cn2)C1	AlphaDrug	6HZB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8098	CN(C(=O)NC1CCCCC1)C1CCN(c2ccc(C(=O)N(C)C3CCC(NC(=O)c4ccc(F)cc4)CC3)cn2)C1	AlphaDrug	6HZB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8099	CN(C(=O)O)C1CCN(c2ccc(C(=O)N3CCC4(CC3)CCN(c3ccc(F)cc3Cl)C4)cn2)C1	AlphaDrug	6HZB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8100	Cc1ccc(-c2cc(C(F)(F)Cc3cccc(Cl)c3)nc(-c3cc(C(=O)O)cc(Cl)c3C)n2)cc1	AlphaDrug	4LZR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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