DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
8131 CC1(C)CCC(c2nc(N)c(C(=O)NCc3ccc(C(F)(F)F)cc3)c(N)n2)CC1 AlphaDrug 4UJB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8132 CC(C)N1CCN(Cc2ccc(-c3c(N)nc(C4C=CC(C)(C)CC4)nc3N)cc2)CC1 AlphaDrug 4UJB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8133 CC1(C)CCC(c2nc(N)c(C(=O)NC3CC3)c(N)n2)CC1 AlphaDrug 4UJB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8134 CC1(C)CCC(c2n[nH]c(-c3ccc(-c4ccc(N5CCNCC5)cc4)cc3)n2)CC1 AlphaDrug 4UJB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8135 CC1(C)CCC(c2nc(N)c(C(=O)NCCc3ccc(-n4cnc5ccccc54)cc3)c(N)n2)CC1 AlphaDrug 4UJB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8136 Cc1ncc(-c2cccc(C(F)(F)F)c2)nc1Nc1ccc(C(=O)NC2CCC(C)(C)CC2)cc1F AlphaDrug 4UJB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8137 CC1(C)/N=C(N)\N=C(\N)NCCCCOc2ccc(-c3ccc(-c4cncnc4)cc3)cc21 AlphaDrug 4UJB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8138 CC1(C)CCC(c2nc(N)c(C(=O)NCc3ccc(C(=O)O)cc3)cc2N)CC1 AlphaDrug 4UJB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8139 CC1(C)CCC(c2nc(-c3ccc(-c4cnnn4CCCCCNc4ccc(-c5ccccn5)cc4)cc3)cs2)CC1 AlphaDrug 4UJB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8140 CC(C)Cc1ccc(-n2c(C(=O)NC3CC3)nc3ccc(-c4ccc(OC(F)(F)F)cc4)cc32)cc1 AlphaDrug 5MMG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8141 NC(=O)C(Cc1ccc(-c2cccc3ccccc23)cc1)NC(=O)c1ccc2c(c1)CCCC2 AlphaDrug 5MMG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8142 CC(C)Cc1ccc(-c2ccc(OC(C)C(=O)O)cc2)cc1 AlphaDrug 5MMG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8143 CC(C)Cc1ccc(-n2c(C(=O)NC(C)c3ccc(F)cc3)nc3ccccc32)cc1 AlphaDrug 5MMG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8144 CC(C)Cc1ccc(-c2cc(NC(=O)c3ccc(C(C)(C)C)cc3)ccc2C(N)=O)cc1 AlphaDrug 5MMG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8145 CC(C)Cc1ccc(-n2c(C(=O)NCCc3ccccc3)nc3ccc(-c4ccc(C(F)(F)F)cc4)cc32)cc1 AlphaDrug 5MMG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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