Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
8176	CC(C)(C)Cc1cc2cc(S(=O)(=O)NC(=O)c3cccc4ccncc34)ccc2n1Cc1ccccc1	AlphaDrug	6O0O	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8177	CC(C)(C)OCc1cccc(-c2cccc(-c3cccc(-c4ccccc4)c3)c2)c1	AlphaDrug	6O0O	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8178	CC(C)(C)Cc1cc2cc(-c3ccc(Cl)c(F)c3)ccc2n1Cc1ccccc1	AlphaDrug	6O0O	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8179	COc1ccc(O)cc1C(=O)Nc1cccc(C(C)NC(=O)c2cc3ccc(OC(=O)c4ccccc4C)cc3cc2Cl)c1	AlphaDrug	5YUM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8180	COc1ccc(O)cc1C(=O)Nc1cccc(C(C)NC(=O)c2ccc3ccccc3c2-c2ccc(C(=O)O)cc2)c1	AlphaDrug	5YUM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8181	COc1ccc(O)cc1C(=O)Nc1cccc(C(C)NC(=O)c2ccc3ccccc3c2-c2ccccc2)c1	AlphaDrug	5YUM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8182	COc1ccc(O)cc1C(=O)Nc1cccc(C(C)C(NC2CC=C(C(=O)NCc3ccccc3)CC2)C(=O)O)c1	AlphaDrug	5YUM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8183	COc1ccc(O)cc1C(=O)Nc1cccc(C(C)NC(=O)c2ccc3ccccc3c2-c2cnnn2C)c1	AlphaDrug	5YUM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8184	COc1ccc(O)cc1C(=O)Nc1cccc(C(C)NC(=O)c2ccc3ccccc3c2-c2ccc(C(=O)O)cc2)c1	AlphaDrug	5YUM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8185	COc1ccc(O)cc1C(=O)Nc1cccc(C(C)NC(=O)c2ccc3ccccc3c2-c2ccccc2)c1	AlphaDrug	5YUM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8186	COc1ccc(O)cc1C(=O)Nc1cccc(C(C)NC(=O)c2ccc3ccccc3c2-c2ccc([N+](=O)[O-])cc2)c1	AlphaDrug	5YUM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8187	COc1ccc(O)cc1C(=O)Nc1cccc(C(C)NS(=O)(=O)c2cccc(OC(=O)c3ccccc3)c2)c1	AlphaDrug	5YUM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8188	COc1cccc(C(=O)Oc2ccc3cc(C(=O)NC(C)c4cccc(NC(=O)c5cc(O)ccc5OC)c4)ccc3c2)c1	AlphaDrug	5YUM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8189	Cc1[nH]c(-c2cccc(/C=N/C(=O)C3CC3)c2)c(C)c1C(=O)NC(C)CC(C)C	AlphaDrug	5X74	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8190	CC(C)CCN1CCC(OC(=O)c2cc3c(-c4ccc(N5CCN(CC(C)C)CC5)cc4)cccc3[nH]2)CC1	AlphaDrug	5X74	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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