Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
8206	CC(C)C(NC(=O)c1cc(-c2ccc(-c3ccccc3)cc2)on1)C(NC(=O)CNC(=O)c1ccccc1)C(=O)NCC(=O)O	AlphaDrug	4BF1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8207	CC(C)C(NC(=O)c1cc(-c2ccc(-c3ccc(OCC4CC4)cc3)cc2)on1)C(=O)/C=N/C(=O)c1ccccc1	AlphaDrug	4BF1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8208	CC(C)C(NC(=O)c1cc2ccccc2o1)C(=O)NCC(c1ccccc1)c1cccc(OCC(=O)O)c1	AlphaDrug	4BF1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8209	CC(C)CC(NC(=O)c1ccc(O)nc1)C(=O)NC(CC(N)=O)C1CCCCC1	AlphaDrug	4LM2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8210	NC(=O)C1OC(n2cnc3cnc(-c4ccc(-c5ccccc5)cc4)nc32)C(O)C1O	AlphaDrug	4LM2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8211	NC(=O)C1CCCN(c2ccc(-c3ccc(Cl)cc3)cc2Cl)C1	AlphaDrug	4LM2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8212	NC(=O)C1CCCN(c2ccc(-c3ccccc3)cc2C(=O)NC2CCCN(C(=O)c3cc(F)cc(F)c3)C2)C1	AlphaDrug	4LM2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8213	NC(=O)C1CCCN(c2ccc(-c3c[nH]c(C4CCNCC4)n3)cc2)C1	AlphaDrug	4LM2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8214	NC(=O)C1CCCN(c2ccc(-c3ccccc3)cc2C(=O)NC2CCCN(C(=O)c3ccncc3Cl)C2)C1	AlphaDrug	4LM2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8215	NC(=O)C1CCCN(c2ccc(-c3cccc4[nH]ncc34)cc2C(=O)NC2CCCN(C(=O)c3cnc[nH]3)C2)C1	AlphaDrug	4LM2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8216	CC(C)c1cc(-c2ccc(F)cc2)ccc1N1CCCC(C(N)=O)C1	AlphaDrug	4LM2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8217	NC(=O)c1ncc(-c2ccc(F)cc2)nc1NC1CCC(C(N)=O)C1	AlphaDrug	4LM2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8218	NC(=O)C1CCCN(c2ccc(-c3cncc(C4CC4)n3)cc2)C1	AlphaDrug	4LM2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8219	CC1(CSc2cc(NS(C)(=O)=O)ccc2CC(=O)N2CCC(c3ccc(C(=O)N4CCCCC4)cc3)CC2)CCCCC1	AlphaDrug	5FL4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8220	CS(=O)(=O)Nc1ccc(CC(=O)N2CCC(c3ccc(C(=O)N4CCCCCC4)cc3)CC2)cc1	AlphaDrug	5FL4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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