DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
8221 COc1cc(C(F)(F)F)ccc1C1CCN(C(=O)Cc2ccc(NS(C)(=O)=O)cc2)CC1 AlphaDrug 5FL4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8222 CS(=O)(=O)Nc1ccc(CC(=O)N2CCC(c3ccc(F)c(F)c3)CC2)cc1 AlphaDrug 5FL4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8223 CS(=O)(=O)Nc1ccc(CC(=O)N2CCN(c3ccc(F)cc3Cl)CC2)cc1 AlphaDrug 5FL4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8224 CS(=O)(=O)Nc1ccc(CC(=O)N2CCC(c3ccc(C4CCCCCC4)c(Cl)c3)CC2)cc1 AlphaDrug 5FL4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8225 CC1(c2ccc(F)cc2)CCN(c2cccc(-c3ccc(C(=O)N4CCCC4C(=O)NO)cc3)n2)CC1 AlphaDrug 5FL4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8226 CS(=O)(=O)Nc1ccc(CC(=O)N2CCC(c3ccc(C(=O)N4CCCCC4)cc3)CC2)c(CNC(=O)c2ccc(Cl)cc2)c1 AlphaDrug 5FL4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8227 CS(=O)(=O)Nc1ccc(CC(=O)N2CCC(c3ccc(C(=O)N4CCCC(F)(F)C4)cc3)CC2)cc1 AlphaDrug 5FL4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8228 CS(=O)(=O)Nc1ccc(CC(=O)N2CCC(c3ccc(-c4ccc(F)cc4)cc3N)CC2)cc1 AlphaDrug 5FL4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8229 O=C(NCC1CCC(F)(F)CC1)c1nc2cc(-c3ccc(C(F)(F)F)cc3)ccc2n1-c1ccc(C2(O)CCN2)cc1 AlphaDrug 5W44 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8230 Nc1ncc2cc(-c3ccc(-c4cc5ccccc5n4-c4ccc(C5(O)CCN5)cc4)cc3)ccc2n1 AlphaDrug 5W44 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8231 O=C(Nc1cccc(-c2cc3ccccc3n2-c2ccc(C3(O)CCN3)cc2)c1)c1ccccc1 AlphaDrug 5W44 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8232 OC1(c2ccc(-n3nnc(NCc4ccc(-c5ccccc5)cc4)c3N3CCCc4ccccc43)cc2)CCN1 AlphaDrug 5W44 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8233 OC1(c2ccc(-n3c(-c4ccc(-c5ccc6nc(Nc7ccc(F)cc7)ccc6c5)cc4)cc4ccccc43)cc2)CCN1 AlphaDrug 5W44 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8234 O=C(Nc1cccc(-c2ccc3ccccc3c2)c1)c1ccc(C2(O)CCN2)cc1 AlphaDrug 5W44 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8235 Nc1ncc2cc(-c3ccc(-c4cc5ccccc5n4-c4ccc(C5(O)CCN5)cc4)cc3)ccc2n1 AlphaDrug 5W44 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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