DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
8251 Cc1cc(-c2cc(F)cc(Cl)c2)nc2c1ncn2-c1ccc(-c2ccc(-c3cccc4ccc(C(=O)O)cc34)cc2O)s1 AlphaDrug 4YC0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8252 Cc1cc(-c2cnn(-c3ccc(F)cc3)c2-c2ccc(Cl)cc2C(=O)O)cc2ccccc12 AlphaDrug 4YC0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8253 Cc1cc(C(=O)O)nc2c1ncn2-c1ccc(-c2ccc(-c3cccc4[nH]cc(C(=O)O)c34)cc2O)s1 AlphaDrug 4YC0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8254 Cc1cc(-c2ccc(F)c(Cl)c2)nc2c1ccn2-c1ccc(Oc2cc(F)ccc2Cl)cc1 AlphaDrug 4YC0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8255 Cc1cc(C(=O)O)nc2c1ncn2-c1ccc(-c2ccc(-c3cccc4ccccc34)cc2O)s1 AlphaDrug 4YC0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8256 Cc1ccc(Cl)c(OC(CC(=O)O)C(=O)O)c1C(=O)Nc1ccc(Cl)c(Cl)c1 AlphaDrug 4YC0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8257 Cc1ncc(-c2ccc(-n3cnc4c(C)cc(C(=O)O)nc43)cc2)cc1-c1ccc(N2CCCCC2)cc1 AlphaDrug 4YC0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8258 CCOC(=O)Nc1cc(-c2ccc(Cl)c(Cl)c2)ccc1C(=O)O AlphaDrug 4YC0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8259 COc1ccc(-c2cc(-c3ccc(C(=O)O)cc3)ccc2CNC(C)C)cc1 AlphaDrug 6DGL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8260 COc1ccc(-c2cc3nc(C4CC=CCC4)ccc3cn2)cc1 AlphaDrug 6DGL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8261 COc1ccc(-c2cc(C(=O)O)cc(-c3cc(OCC(F)(F)F)ccc3C(=O)O)c2)cc1 AlphaDrug 6DGL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8262 COc1ccc(-c2cc3cc(C(=O)O)ccc3n2-c2ccccc2)cc1 AlphaDrug 6DGL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8263 COc1ccc(-c2cc(C(C)(C)C#CCc3ccc(C(=O)O)cc3)cc(O)c2OC)cc1 AlphaDrug 6DGL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8264 COc1ccc(-c2cc(C(F)(F)P(=O)(O)O)cc(C)c2C(=O)O)cc1 AlphaDrug 6DGL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8265 COc1ccc(-c2cc(-c3cc(C(F)(F)F)ccc3C(F)(F)F)ccc2Cc2ccc(C(=O)O)cc2)cc1 AlphaDrug 6DGL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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