DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
8266 COc1ccc(-c2cc(C(F)(F)F)ccc2CN2CCN(S(C)(=O)=O)CC2)cc1 AlphaDrug 6DGL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8267 COc1ccc(-c2cc(C(=O)O)ccc2Cc2ccccc2)cc1 AlphaDrug 6DGL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8268 COc1ccc(-c2cc(-c3cnc(C)c(C)c3)ccc2Cc2ccc(C#N)cc2)cc1 AlphaDrug 6DGL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8269 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3cc(C4CCN(c5ccc6c(c5)OCO6)CC4)ccc3C(N)=O)c2)cc1 AlphaDrug 2AZY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8270 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3cc(C4CCN(C(=O)NC/C=C/CCC(=O)O)CC4)ccc3Cc3nc[nH]n3)c2)cc1 AlphaDrug 2AZY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8271 O=C(c1ccccc1)N1CCCC(Oc2ccc(-c3ccc4[nH]ncc4c3)cc2)CC1 AlphaDrug 2AZY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8272 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3ccc4c(c3)N(CC3CCC3)C(=O)CC(O)CNC4=O)c2)cc1 AlphaDrug 2AZY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8273 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3cc(C4CCN(c5cccc(N)c5)CC4)ccc3C(N)=O)c2)cc1 AlphaDrug 2AZY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8274 COc1ccc(-c2ccc(C3CCCCC3)cc2)cc1C(=O)N1CCC(N2CCCCC2)CC1 AlphaDrug 2AZY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8275 O=C(c1ccn[nH]1)N1CCCC(Oc2ccc(-c3ccc4c(c3)OCCO4)cc2)CC1 AlphaDrug 2AZY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8276 O=C(NCC1CCCN1C(=O)N1C=CCC(c2ccccc2)CC1)c1ccccc1 AlphaDrug 2AZY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8277 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3cc(C4(c5ccccc5)CC4)ccc3F)c2)cc1 AlphaDrug 2AZY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8278 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3cc(C4CCN(C(=O)NCC(F)(F)F)CC4)cnc3Cc3cnc[nH]3)c2)cc1 AlphaDrug 2AZY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8279 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3cc(C(F)(F)F)ccc3Cc3n[nH]c4ccccc34)c2)cc1 AlphaDrug 2AZY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8280 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3cc(C(=O)O)cnc3Cc3c[nH]c4ccccc34)c2)cc1 AlphaDrug 2AZY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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