DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
8311 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3cc(C4CCCCC4)cc(C(F)(F)F)c3)c2)cc1 AlphaDrug 2AZY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8312 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(C3=C/C=C4/CCN(CCN5CCCO/C5=C/3)C4=O)c2)cc1 AlphaDrug 2AZY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8313 O=C(c1ccnc2c1CCO2)N1CCCC(Oc2ccc(-c3ccc4[nH]ncc4c3)cc2)CC1 AlphaDrug 2AZY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8314 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3cc(C4(N5CCCCC5)CC4)ccc3C)c2)cc1 AlphaDrug 2AZY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8315 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3cc(C4CCN(c5ccc6ccccc6c5)CC4)ccc3C(N)=O)c2)cc1 AlphaDrug 2AZY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8316 COc1ccc(-c2cccc(-c3ccccc3)c2)cc1/C(N)=C(/N)N1CCCCC1 AlphaDrug 2AZY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8317 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3cc(C4CCN(c5ccncc5)CC4)ccc3C(N)=O)c2)cc1 AlphaDrug 2AZY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8318 O=C(c1ccnc2ccccc12)N1CCCC(Oc2ccc(-c3ccc4[nH]ncc4c3)cc2)CC1 AlphaDrug 2AZY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8319 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3cc(N4CCCC4)ccc3Cc3c[nH]c4ccccc34)c2)cc1 AlphaDrug 2AZY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8320 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc3c(c2)C2(CCCCC2)CN(C)C2C=CC(CC2)O3)cc1 AlphaDrug 2AZY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8321 O=C(c1c[nH]c2ccccc12)N1CCC(c2ccc(-c3ccc4[nH]ncc4c3)cc2)CC1 AlphaDrug 2AZY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8322 COc1ccc(C(Cc2c[nH]c3ccc(F)cc23)NS(=O)(=O)c2ccc(-c3cccc4ccccc34)cc2)cc1 AlphaDrug 2AZY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8323 COc1ccc(-c2ccc(C(N)=O)cc2Cc2c[nH]c3ccccc23)cc1C(=O)N1CCCC1O AlphaDrug 2AZY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8324 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3cc(C4CCN(c5ccccc5)CC4)ccc3C(N)=O)c2)cc1 AlphaDrug 2AZY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8325 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3cc(C4CCCNCC4)ccc3C(N)=O)c2)cc1 AlphaDrug 2AZY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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