Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
8341	COc1ccc(C(Cc2ccc3ccccc3c2)N2CCCC2CNC(=O)c2cccnc2)cc1	AlphaDrug	2AZY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8342	O=C(N1CCC(c2ccccc2)CC1)N1CCCC(N2CCCCC2)CC1	AlphaDrug	2AZY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8343	COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3cc(C4C=CN(c5ccc6c(c5)CC=CCO6)CC4)ccc3C(N)=O)c2)cc1	AlphaDrug	2AZY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8344	COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3cc(C4CCN(c5cnccc5C)CC4)ccc3C(N)=O)c2)cc1	AlphaDrug	2AZY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8345	COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3cc(C4(N5CCCCC5)CCCC4)ccc3F)c2)cc1	AlphaDrug	2AZY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8346	COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3cc(C4CCN(C(C)(C)C)CC4)ccc3C(N)=O)c2)cc1	AlphaDrug	2AZY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8347	COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3cc(C(=O)O)ccc3Cc3c[nH]c4ncccc34)c2)cc1	AlphaDrug	2AZY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8348	COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3cc(C4CCN(c5cccc6ccccc56)CC4)ccc3C(N)=O)c2)cc1	AlphaDrug	2AZY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8349	COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3cc(C(=O)O)cc(C4CCCCC4)c3)c2)cc1	AlphaDrug	2AZY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8350	COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3cc(-c4ccccc4)ccc3C(=O)NC3CCC(O)C3)c2)cc1	AlphaDrug	2AZY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8351	COc1ccc(-c2ccc(CC3CCC(N)C4(CCCC4)O3)cc2)cc1	AlphaDrug	2AZY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8352	O=C(N1CCCCC1)N1CCCC(Oc2ccc(-c3ccc4[nH]ncc4c3)cc2)CC1	AlphaDrug	2AZY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8353	O=C(c1cccc2ccccc12)N1C=CC(c2ccc(-c3ccc4[nH]ncc4c3)cc2)CC1	AlphaDrug	2AZY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8354	COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3cc(C4CCN(c5ccc(C(F)(F)F)cc5)CC4)ccc3C(N)=O)c2)cc1	AlphaDrug	2AZY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8355	O=C(c1ccnc2[nH]ccc12)N1CCCC(c2ccc(-c3ccc4[nH]ncc4c3)cc2)CC1	AlphaDrug	2AZY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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