DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
8401 Cc1cc(C2CCN(C(=O)C3CCN(c4ccc(C(F)(F)F)cc4C(F)(F)F)CC3)CC2)cc(C2CCN(C3CC3)CC2)c1 AlphaDrug 1H36 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8402 Cc1cc(C2CC2)cc(S(=O)(=O)N2CCN(c3ccc(C(F)(F)F)cc3C(F)(F)F)CC2)c1 AlphaDrug 1H36 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8403 Cc1cc(C(=O)NC2CCCCC2)cc(C2CCN(C(=O)C3CCN(c4ccc(C(F)(F)F)cc4)CC3)CC2)c1 AlphaDrug 1H36 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8404 Cc1cc(C(=O)N2CCCCC2)cc(C2CCN(C(=O)c3ccc(OCC(F)(F)F)cc3)CC2)c1 AlphaDrug 1H36 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8405 Cc1cc(C2CCCCC2)cc(C2CCN(C(=O)NC(N)=O)CC2)c1 AlphaDrug 1H36 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8406 Cc1cc(C(=O)Nc2ccc(C(F)(F)F)cc2)cc(C2CCN(C3CCOCC3)CC2)c1 AlphaDrug 1H36 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8407 Cc1cc(-c2ccc(C3CCN(C(=O)CC4CCCCC4)CC3)cc2)on1 AlphaDrug 1H36 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8408 COc1ccc(N2CCC(C(=O)N3CCC(c4cc(C)cc(C(=O)N5CCC(C(=O)O)CC5)c4)CC3)CC2)cc1 AlphaDrug 1H36 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8409 Cc1cc(C2CCN(C(=O)CN(C)C)CC2)cc(N2CCN(CC(F)(F)C(=O)N(C)C)CC2)c1 AlphaDrug 1H36 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8410 Cc1cc(C(=O)O)cc(C2CCN(C(=O)C3CCN(C(=O)C4CC4)CC3)CC2)c1 AlphaDrug 1H36 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8411 Cc1cc(C(=O)NC2CCCCCC2)cc(C2CCCN(CC3CC3)CC2)c1 AlphaDrug 1H36 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8412 Cc1cc(C(=O)NC2CCC(C(=O)O)CC2)cc(C2CCN(C(=O)C3CCN(c4ccc(C(F)(F)F)cc4C(F)(F)F)CC3)CC2)c1 AlphaDrug 1H36 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8413 Cc1cc(C(=O)NC2CCCC(c3ccc(F)cc3)CC2)cc(C2CCN(C(=O)C3CCN(c4ccc(C(F)(F)F)cc4C(F)(F)F)CC3)CC2)c1 AlphaDrug 1H36 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8414 Cc1cc(C2C=CN(S(=O)(=O)c3ccc(OCC(F)(F)F)cc3)CC2)cc(C(F)(F)F)c1 AlphaDrug 1H36 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8415 Cc1cc(C(=O)NC2CCCCC2)cc(C2CCN(C(=O)C3CC3)CC2)c1 AlphaDrug 1H36 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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