Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
8416	Cc1cc(C2CCN(C(=O)C3CCN(c4ccc(Cl)c(Cl)c4)CC3)CC2)cc(C(F)(F)F)c1	AlphaDrug	1H36	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8417	Cc1cc(C(=O)N2CCCCCC2)cc(C2CCN(C(=O)C3CCN(C(=O)C4CC4)CC3)CC2)c1	AlphaDrug	1H36	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8418	Cc1cc(C(=O)N2CCCCC2)cc(C2CCN(C(=O)C3C=CN(c4ccc(F)cc4)CC3)CC2)c1	AlphaDrug	1H36	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8419	Cc1cc(C(=O)N2CCCCCC2)cc(C2CCN(C(=O)C3CCN(C(=O)Cc4ccccc4)CC3)CC2)c1	AlphaDrug	1H36	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8420	Cc1cc(-c2ccc(F)cc2)cc(C2CCN(C(=O)C3CCN(C(=O)Cc4ccccc4)CC3)CC2)c1	AlphaDrug	1H36	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8421	Cc1cc(C(=O)N2CCC3CCC(C2)N3C)cc(C2CCN(C(=O)C3CCN(c4ccc(Cl)cc4)CC3)CC2)c1	AlphaDrug	1H36	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8422	Cc1cc(C2CCN(C(=O)C3CCN(c4ccc(C(F)F)cc4C(F)(F)F)CC3)CC2)cc(C(F)(F)F)c1	AlphaDrug	1H36	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8423	Cc1cc(C(=O)NC2CCCCC2)cc(C2CCN(C(=O)C3CCN(c4ccc(C(F)(F)F)cc4Cl)CC3)CC2)c1	AlphaDrug	1H36	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8424	CCCCCOc1cccc(NC(=O)N2CCC(c3cc(C)cc(C(=O)N(C)C)c3)CC2)c1	AlphaDrug	1H36	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8425	Cc1cc(C(=O)N2CCC(C(=O)O)CC2)cc(C2CCN(CC(=O)N3CCN(C)CC3)CC2)c1	AlphaDrug	1H36	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8426	Cc1cc(C)cc(-c2nc(-c3cc(NC(=O)c4cccc(C(F)(F)F)c4)cc(N)c3O)cnc2C)c1	AlphaDrug	1H36	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8427	Cc1cc(C(N)=O)cc(C2CCN(C(=O)C3CCN(C(=O)C4CCCCC4)CC3)CC2)c1	AlphaDrug	1H36	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8428	Cc1cc(C(=O)NC2CCCCCC2)cc(C2CCN(C(=O)Nc3cc(C(F)(F)F)ccn3)CC2)c1	AlphaDrug	1H36	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8429	Cc1cc(C(=O)Nc2cccc(OCCCCCOc3ccc(C(=O)N4CCN(C)CC4)cc3)c2)cc(C2CCCCC2)c1	AlphaDrug	1H36	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8430	Cc1cc(C2CCN(C(=O)C3CCN(c4ccc(OCCC(F)(F)F)cc4)CC3)CC2)cc(C(F)(F)F)c1	AlphaDrug	1H36	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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