Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
8461	Cc1cc(C(=O)N2CCCCCC2)cc(C2CCN(C(=O)C3CCN(c4cc(Cl)cc(Cl)c4)CC3)CC2)c1	AlphaDrug	1H36	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8462	Cc1cccc(OC(=O)N2CCN(c3ccc(C(=O)N4CCCCC4)cc3)CC2)c1	AlphaDrug	1H36	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8463	Cc1cc(C(=O)O)cc(C2CCN(C(=O)C3CCN(C(=O)C4CCN(C(=O)C5CC5)CC4)CC3)CC2)c1	AlphaDrug	1H36	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8464	Cn1cnc(-c2cnc3c(-c4ccn5[nH]c(-c6ccc(N7CCOCC7)cc6)cc45)cnn3c2)c1	AlphaDrug	5ORJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8465	Cn1cc(-c2cnc3c(-c4ccn5[nH]c(-c6ccc(F)cc6)cc45)cnn3c2)cn1	AlphaDrug	5ORJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8466	Cn1cnc(-c2cnc3c(-c4ccn5[nH]c(-c6cccc(-c7cnc[nH]7)c6)cc45)cnn3c2)c1	AlphaDrug	5ORJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8467	Cn1cnc(-c2cnc3c(-c4ccn5[nH]c(-c6cccc(NS(C)(=O)=O)c6)cc45)cnn3c2)c1	AlphaDrug	5ORJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8468	Cn1cnc(-c2cnc3c(-c4ccn5[nH]c(-c6cccc(-n7ccnc7)c6)cc45)cnn3c2)c1	AlphaDrug	5ORJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8469	Cn1cnc(-c2cnc3[nH]cc(-c4cnc5ccccc5c4)c3c2)c1	AlphaDrug	5ORJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8470	CNC1CC2OC(C)(C1OC)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C(=O)N=C4	AlphaDrug	5ORJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8471	Cn1cnc2c(Nc3ccc(C(=O)NCCN4CCCCC4)cc3)nccc21	AlphaDrug	5ORJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8472	Cc1c(-c2cn(C)cn2)cnc2c(-c3ccc(NC(=O)NCC(C)(C)C)cc3)cnn12	AlphaDrug	5ORJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8473	Cn1cnc(-c2cnc3c(-c4ccn5[nH]c(-c6cccc(-c7ccc(F)cc7)c6)cc45)cnn3c2)c1	AlphaDrug	5ORJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8474	COc1ccc(C2CCN(C(=O)c3ccc4c(c3)ncn4-c3ccnc(N4CCC(N5CCOCC5)CC4)c3)CC2)cc1	AlphaDrug	6MNV	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8475	COc1ccc(C2CCN(C(=O)c3ccc4c(c3)ncn4-c3ccnc4ccc(C(N)=O)cc34)CC2)cc1	AlphaDrug	6MNV	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

8461 to 8475 of 73725 items. Total 4915 pages.