DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
8491 O=C(NC(Cc1c[nH]c2ccccc12)C(=O)NCCc1ccccc1)c1ccc(C2CCC(C(=O)O)CC2)cc1 AlphaDrug 4XTW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8492 O=C(O)CNC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C(CC(F)(F)F)NC(=O)c1ccc(C2CCC(C(=O)O)CC2)cc1 AlphaDrug 4XTW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8493 O=C(O)CNC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C1CCCCC1NC(=O)c1ccc(COC2CCC(C(=O)O)CC2)cc1 AlphaDrug 4XTW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8494 CC12OC(CC1(O)CO)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C=NC4=O AlphaDrug 4OVH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8495 CC12OC(CC1(O)CO)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C=NC4=O AlphaDrug 4OVH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8496 CC12OC(CC1(O)CO)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C(=O)NCCO4 AlphaDrug 4OVH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8497 Cc1cc(Nc2ncc(-c3ccc(NC(=O)c4ccc(F)cc4)cc3C)cn2)ccc1C#N AlphaDrug 4OVH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8498 Cc1[nH]c2ccc(-c3cc(N)cc(OC4CCNCC4)c3)cc2c1C(=O)Nc1ccc(F)cc1 AlphaDrug 4OVH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8499 CNC1CC2OC(C)(C1OC)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C(=O)N=C4 AlphaDrug 4OVH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8500 Cc1cc(Nc2ncc(-c3ccnc(Nc4ccc(S(C)(=O)=O)cc4)n3)cn2)cc(C(=O)O)n1 AlphaDrug 4OVH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8501 CC12OC(CC1(O)CO)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C(=O)N=C4 AlphaDrug 4OVH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8502 COC1C(N(C)C(=O)c2ccccc2)CC2OC1(C)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C(=O)N=C4 AlphaDrug 4OVH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8503 Cc1cc(Nc2ncc(-c3ccnc(Nc4ccc(S(C)(=O)=O)cc4)c3)cn2)cc(C)c1O AlphaDrug 4OVH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8504 COc1ccccc1CC1CCN(S(=O)(=O)c2ccc3ccc(Cl)cc3c2)CC1 AlphaDrug 1COY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8505 COc1ccccc1CC1CCN(S(=O)(=O)c2ccc3c(c2)cc(F)n3CC2CCCCC2)CC1 AlphaDrug 1COY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

8491 to 8505 of 73725 items. Total 4915 pages.