DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
8551 COc1ccccc1CC1CCN(C(=O)CC2(C(=O)NCC(=O)O)CC2)CC2CCC(C2)N1 AlphaDrug 1COY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8552 COc1ccccc1CC1CCN(S(=O)(=O)c2ccc3ccccc3c2)CC1 AlphaDrug 1COY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8553 Cc1cccc(C)c1Sc1ccc([SH](=O)(NC2CCCCC2)c2ccccc2F)cc1 AlphaDrug 1COY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8554 COc1ccccc1CC1CCN(S(=O)(=O)c2ccc(-c3cccc(C4CC4)c3)s2)CC1 AlphaDrug 1COY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8555 CC1(C)CC(NS(=O)(=O)c2cccc(-c3ccccc3)c2)C(CCC(N)=O)O1 AlphaDrug 1COY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8556 COc1ccccc1CC1CCN(S(=O)(=O)c2ccc3nc(/N=C/C(CO)CO)ccc3c2)CC1 AlphaDrug 1COY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8557 COc1ccccc1CC1CCN(S(=O)(=O)c2ccc(OCCc3ccc(F)cc3)cc2)CC1 AlphaDrug 1COY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8558 Cc1ccc(Oc2cccc(N3CCN(C4CCCCC4)CC3)c2)nc1C1CCCCC1 AlphaDrug 1COY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8559 COc1ccccc1CC1CCN(S(=O)(=O)c2ccc(C3CCOCC3)cc2)CC1 AlphaDrug 1COY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8560 Cc1ccc(Oc2cccc(N3CCN(c4ccc(C(F)(F)F)c(C5CC5)c4)CC3)c2)cc1 AlphaDrug 1COY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8561 Cc1ccc(Oc2cccc(N3CCN(c4ccc(C#N)c(C(N)=O)c4)CC3)c2)cc1 AlphaDrug 1COY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8562 Cc1ccc(Oc2cccc(N3CCC(NC(=O)c4ccc(C(F)(F)F)cc4)CC3)c2)cc1 AlphaDrug 1COY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8563 Cc1ccc(Oc2cccc(N3CCN(c4ccc(S(C)(=O)=O)cc4)CC3)c2)cc1 AlphaDrug 1COY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8564 COc1ccccc1CC1CCN(S(=O)(=O)c2ccc(OCC(CO)c3ccccc3)cc2)CC1 AlphaDrug 1COY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8565 Cc1ccc(Oc2cccc(N3CCN(c4ccc(C(F)(F)F)c(S(C)(=O)=O)c4)CC3)c2)cc1 AlphaDrug 1COY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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