DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
8581 COc1ccccc1CC1CCN(S(=O)(=O)c2ccc3ccc(F)cc3c2)CC1 AlphaDrug 1COY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8582 Cc1ccc(Oc2cccc(N3CCN(c4ccc(S(N)(=O)=O)cc4)CC3)c2)cc1 AlphaDrug 1COY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8583 Cc1cccc(C)c1Sc1ccc([SH](=O)(NC2CCCCC2)c2ccc(F)c(Cl)c2)cc1 AlphaDrug 1COY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8584 Cc1ccccc1N1C=CN(C(=O)CC2(C(=O)NCC3CCCCC3)CC2)CC1 AlphaDrug 1COY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8585 COc1ccccc1CC1CCN(S(=O)(=O)c2ccc(OCCc3ccccc3)cc2)CC1 AlphaDrug 1COY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8586 COc1ccccc1CC1CCN(S(=O)(=O)c2ccc(OCCCCc3ccccc3)cc2)CC1 AlphaDrug 1COY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8587 Cc1ccc(Oc2cccc(N3C=CN(c4ccc(C(F)(F)F)cc4)CC3)c2)cc1C AlphaDrug 1COY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8588 COc1ccccc1C1CCN(C(=O)CC2(NC(=O)c3ccc4ccccc4c3)C=CCCC2)CC1 AlphaDrug 1COY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8589 COc1ccccc1OCC1CCC(N)c2ccc(S(=O)(=O)C3CCCC3)cc21 AlphaDrug 1COY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8590 COc1ccccc1C1=CC(N(Cc2ccc(Cl)c(Cl)c2)S(=O)(=O)c2ccc(C3CC3)cc2)CC1 AlphaDrug 1COY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8591 COc1ccccc1CC1CCN(S(=O)(=O)c2ccc(OCCC3CCCC(F)(F)C3)cc2)CC1 AlphaDrug 1COY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8592 COc1ccccc1CC1CCN(S(=O)(=O)c2ccc(OCCC3CCCC3)cc2)CC1 AlphaDrug 1COY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8593 COc1ccccc1CC1CCN(S(=O)(=O)c2ccc(N3CCN(C4CC4)CC3)cc2)CC1 AlphaDrug 1COY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8594 Cc1ccc(Oc2cccc(N3C=CN(C4CCC(O)CC4)CC3)c2)cc1 AlphaDrug 1COY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8595 COc1ccccc1CC1CCN(C2CCCC(OCC3(c4ccc(F)cc4)CC3)CC2)CC1 AlphaDrug 1COY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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