DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
8536 COc1ccccc1CCc1cc(C2(C(F)(F)F)CCCC2)nc(N2CCCCC2)n1 AlphaDrug 1COY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8537 COc1ccccc1CC1CCN(S(=O)(=O)c2ccc(C3(C(F)(F)F)CCCC3)cc2)CC1 AlphaDrug 1COY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8538 COc1ccccc1CC1CCN(S(=O)(=O)c2ccc(C3CCN(C(=O)CC4CC4)CC3)cc2)CC1 AlphaDrug 1COY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8539 COc1ccccc1CC1CCN(S(=O)(=O)c2cccc(C3CC3)c2)CC1 AlphaDrug 1COY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8540 COc1ccccc1CC1CCN(S(=O)(=O)c2ccc3ncc(C4CC4)cc3c2)CC1 AlphaDrug 1COY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8541 Cc1ccc(Oc2cccc(N3CCN(c4ccc(C5CCC(F)(F)CC5)cc4)CC3)c2)cc1 AlphaDrug 1COY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8542 COc1ccccc1CC1CCN(S(=O)(=O)c2ccc3nc(NC4CCCCC4)[nH]c3c2)CC1 AlphaDrug 1COY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8543 COc1cccc(-n2nc(C34CCC5CCC(CN5C3)C4)cc2C(=O)O)c1 AlphaDrug 1COY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8544 COc1ccccc1C1CCc2cc(S(=O)(=O)C3CCCCC3)ccc2C1 AlphaDrug 1COY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8545 Cc1ccc(Oc2cccc(N3CCN(c4ccc(C(C)(C)O)cc4)CC3)c2)cn1 AlphaDrug 1COY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8546 COc1ccccc1CC1C=CN(S(=O)(=O)c2ccc(OCCCc3ccccc3)cc2)CC1 AlphaDrug 1COY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8547 COc1ccccc1CC1CCN(S(=O)(=O)c2ccc(OCC3CCCC3)cc2)CC1 AlphaDrug 1COY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8548 COc1ccccc1CC1CCN(C(=O)C2CCN(c3ccc(C4(C(N)=O)CC4)cc3)CC2)CC1 AlphaDrug 1COY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8549 Cc1ccc(N2CCN(C3(C(=O)NCc4cccc(C(F)(F)F)c4)CCCCC3)CC2)cc1 AlphaDrug 1COY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8550 COc1ccccc1CC1CCN(c2ncnc3nc(CC4CCCCC4)ncc23)CC1 AlphaDrug 1COY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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